Проведено сравнение применимости используемых в экологии индексов разнообразия для оценки метагеномов прокариотных сообществ почв наразных филогенетических уровнях. Рассмотрены следующие показатели: количество обнаруженных таксонов, индексы Шеннона, Менхиника, Мар-галефа, Симпсона, Chaol и АСЕ. Анализ разнообразия прокариотных сообществ проводили на примере верхних горизонтов чернозема типичного (Haplic Chernozem (Pachic)), тем но-каштановой (Haplic Kastanozem (Chromic)) и крайнеаридной пустынной почв (Endosalic Calcisol (Yermic)) на основе анализа 16S рРНК генов. Индексы Менхиника, Маргалефа, Chaol и АСЕ демонстрировали сходные результаты по разделению сообществ по уровню разнообразия, индекс Симпсона давал хорошие результаты только при анализе таксонов высокого уровня (филумов), наилучшие результаты показал индекс Шеннона. В целом все использованные индексы показывали уменьшение разнообразия в ряду чернозем—темно-каштановая—крайнеаридная пустынная почва.
展开▼
