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【24h】

MUPHY: A parallel MUlti PHYsics/scale code for high performance bio-fluidic simulations

机译：MURPHY：用于高性能生物流体模拟的并行MUlti PHYsics / scale代码

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We present a parallel version of MUPHY, a multi-physics/scale code based upon the combination of microscopic Molecular Dynamics (MD) with a hydro-kinetic Lattice Boltzmann (LB) method. The features of the parallel version of MUPHY are hereby demonstrated for the case of translocation of biopolymers through nanometer-sized, multi-pore configurations, taking into explicit account the hydrodynamic interactions of the translocating molecules with the surrounding fluid. The parallel implementation exhibits excellent scalability on the IBM BlueGene platform and includes techniques which may improve the flexibility and efficiency of other complex multi-physics parallel applications, such as hemodynamics, targeted-drug delivery and others.
机译：我们提出了MUPHY的并行版本，它是基于微观分子动力学（MD）与流体动力学格子Boltzmann（LB）方法相结合的多物理场/尺度代码。对于生物聚合物通过纳米级多孔构型易位的情况，已证明了MUPHY平行形式的特征，其中明确考虑了易位分子与周围流体的流体动力学相互作用。并行实现在IBM BlueGene平台上显示出出色的可伸缩性，并且包括可以提高其他复杂的多物理并行应用程序（例如血液动力学，靶向药物输送等）的灵活性和效率的技术。

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