• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>Computer physics communications >On the parallelization of molecular dynamics codes
【24h】

On the parallelization of molecular dynamics codes

机译：关于分子动力学代码的并行化

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

Molecular dynamics (MD) codes present a high degree of spatial data locality and a significant amount of independent computations. However, most of the parallelization strategies are usually based on the manual transformation of sequential programs either by completely rewriting the code with message passing routines or using specific libraries intended for writing new MD programs. In this paper we propose a new library-based approach (DDLY) which supports parallelization of existing short-range MD sequential codes. The novelty of this approach is that it can directly handle the distribution of common data structures used in MD codes to represent data (arrays, Verlet lists, link cells), using domain decomposition. Thus, the insertion of run-time support for distribution and communication in a MD program does not imply significant changes to its structure. The method is simple, efficient and portable. It may be also used to extend existing parallel programming languages, such as HPF.
机译：分子动力学（MD）代码具有高度的空间数据局部性和大量的独立计算能力。但是，大多数并行化策略通常基于顺序程序的手动转换，方法是使用消息传递例程完全重写代码，或者使用旨在编写新MD程序的特定库。在本文中，我们提出了一种新的基于库的方法（DDLY），该方法支持对现有短程MD序列代码进行并行化。这种方法的新颖之处在于，它可以使用域分解直接处理MD代码中用来表示数据（数组，Verlet列表，链接单元）的通用数据结构的分布。因此，在MD程序中插入对分发和通讯的运行时支持并不意味着对其结构进行了重大更改。该方法简单，高效且可移植。它也可以用于扩展现有的并行编程语言，例如HPF。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号