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首页> 外文期刊>Biochemistry >Binding of distamycin A and netropsin to the 12mer DNA duplexes containing mixed AT.GC sequences with at most five or three successive AT base pairs.
【24h】

Binding of distamycin A and netropsin to the 12mer DNA duplexes containing mixed AT.GC sequences with at most five or three successive AT base pairs.

机译：歧霉素A和netropsin与含有最多具有五个或三个连续AT碱基对的混合AT.GC序列的12mer DNA双链体的结合。

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Circular dichroism (CD), isothermal calorimetric titrations (ITC), and temperature-dependent UV spectroscopy were used to investigate binding of the minor groove-directed ligands distamycin A (Dst) and netropsin (Net) to the following duplexes: d(GTTAGTATTTGG). d(CCAAATACTAAC), d(GTTAGTATATGG).d(CCATATACTAAC), d(GTTAGTACTTGG). d(CCAAGTACTAAC), and d(GTTAGTAGTTGG).d(CCAACTACTAAC). Our results reveal that Dst binds within the minor grooves of these dodecamers that contain five-AT and/or four-AT.GC binding sites exclusively in a dimeric high-affinity 2:1 binding mode (K approximately 10(16) M(-)(2)). By contrast, Net exhibits high-affinity binding only when it binds in a 1:1 mode (K(1) approximately 10(9) M(-)(1)) to the two duplexes that contain five-AT sites (5'-TATTT-3' and 5'-TATAT-3'). Its further binding to these two duplexes occurs in a low-affinity mode (K(2) approximately 10(6) M(-)(1)) and results in the formation of 2:1 Net-DNA complexes. To the other two duplexes that contain sequences with at most three AT consecutive base pairs Net binds in two distinctive low-affinity 1:1 binding modes (K(1) approximately 10(7) M(-)(1), K(2) approximately 10(6) M(-)(1)). Competition experiments (CD and ITC titrations) reveal that Dst entirely displaces Net from its 1:1 and 2:1 complexes with any of the four duplexes. We discuss and interpret our optical and calorimetric results in the context of the available structural information about the complexes between DNA and the sequence-specific minor groove binders Dst and Net.
机译：圆二色性（CD），等温滴定（ITC）和温度相关的紫外光谱用于研究次要沟定向配体distamycin A（Dst）和netropsin（Net）与以下双链体的结合：d（GTTAGTATTTGG） 。 d（CCAAATACTAAC），d（GTTAGTATATGG）.d（CCATATACTAAC），d（GTTAGTACTTGG）。 d（CCAAGTACTAAC）和d（GTTAGTAGTTGG）.d（CCAACTACTAAC）。我们的结果表明Dst结合在这些十二聚体的小沟槽内，这些十二聚体仅以二聚体高亲和力2：1结合模式（K约为10（16）M（- ）（2））。相比之下，仅当Net以1：1模式（K（1）大约10（9）M（-）（1））与包含五个AT位点的两个双链体（5' -TATTT-3'和5'-TATAT-3'）。它与这两个双链体的进一步结合以低亲和力模式发生（K（2）约为10（6）M（-）（1）），并导致2：1 Net-DNA复合物的形成。 Net最多包含两个具有三个AT连续碱基对的序列的双链体，以两种不同的低亲和力1：1结合模式（K（1）约10（7）M（-）（1），K（2 ）大约10（6）M（-）（1））。竞争实验（CD和ITC滴定）显示Dst完全将Net从其1：1和2：1络合物与四个双链体中的任何一个置换。我们讨论和解释我们的光学和量热结果的背景下有关DNA和序列特定的小沟粘合剂Dst和Net之间的复合物的可用结构信息。

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