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【24h】

An alternating sheared AA pair and elements of stability for a single sheared purine-purine pair flanked by sheared GA pairs in RNA

机译：交替剪切的AA对和单个剪切的嘌呤-嘌呤对的旁接RNA中的剪切GA对的稳定性

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A previous NMR structure of the duplex (PCCG) (5'GGU) (AAG) (GGA) (CCG5 ') (GGCU) revealed an unusually stable RNA internal loop with three consecutive sheared GA pairs. Here, we report NMR studies of two duplexes, (PCCA) (5 ' GGU) (AAG) (GGA) (CCG5 ') (GGCU) (replacing the UG pair with a UA closing pair) and (PCCG) (5 ' GGU) (AAG) (GAA) (CCG5 ') (GGCU) (replacing the middle GA pair with an AA pair). An unusually stable loop with three consecutive sheared GA pairs forms in the duplex (PCCA) (5 ' GGU) (AAG) (GGA) (CCG5 ') (GGCU) . The structure contrasts with that reported for this loop in the crystal structure of the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans [ Harms, J., Schluenzen, F., Zarivach, R., Bashan, A., Gat, S., Agmon, I., Bartels, H., Franceschi, F., and Yonath, A. ( 2001) Cell 107, 679- 688]. The middle AA pair in the duplex (PCCG) (5 ' GGU) (AAG) (GAA) (CCG5 ') (GGCU) rapidly exchanges orientations, resulting in alternative base stacking and pseudosymmetry with exclusively sheared pairs. The (G) (U) (AAG) (GAA) (C) (G) internal loop is 2.1 kcal/ mol less stable than the (G) (U) (AAG) (GAA) (C) (G) internal loop at 37 degrees C. Structural, energetic, and dynamic consequences upon functional group substitutions within related 3 x 3 and 3 x 6 internal loops are also reported.
机译：双链体（PCCG）（5'GGU）（AAG）（GGA）（CCG5'）（GGCU）的先前NMR结构显示具有三个连续剪切的GA对的异常稳定的RNA内部环。在这里，我们报告了两个双链体的NMR研究，分别为（PCCA）（5'GGU）（AAG）（GGA）（CCG5'）（GGCU）（用UA封闭对代替UG对）和（PCCG）（5'GGU ）（AAG）（GAA）（CCG5'）（GGCU）（将中间的GA对替换为AA对）。在双链体（PCCA）（5'GGU）（AAG）（GGA）（CCG5'）（GGCU）中形成具有三个连续剪切的GA对的异常稳定的环。该结构与放射性环链球菌大核糖体亚基的晶体结构报道的环形成对比[Harms，J.，Schluenzen，F.，Zarivach，R.，Bashan，A.，Gat，S.，Agmon，I ，Bartels，H.，Franceschi，F。和Yonath，A。（2001）Cell 107，679-688]。双链体（PCCG）（5'GGU）（AAG）（GAA）（CCG5'）（GGCU）中的中间AA对快速交换方向，从而导致剪切碱基对和唯一剪切对的伪对称性。 （G）（U）（AAG）（GAA）（C）（G）内部回路的稳定性比（G）（U）（AAG）（GAA）（C）（G）内部回路的稳定性低2.1 kcal / mol在37摄氏度下的温度。在相关3 x 3和3 x 6内部环内，官能团取代的结构，能量和动态后果也有报道。

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