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Standardization of RNA Chemical Mapping Experiments

机译：RNA化学作图实验的标准化

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Chemical mapping experiments offer powerful information about RNA structure but currently involve ad hoc assumptions in data processing. We show that simple dilutions, referencing standards (GAGUA hairpins), and HiTRACE/MAPseeker analysis allow rigorous overmodification correction, background subtraction, and normalization for electrophoretic data and a ligation bias correction needed for accurate deep sequencing data. Comparisons across six noncoding RNAs stringently test the proposed standardization of dimethyl sulfate (DMS), 2′-OH acylation (SHAPE), and carbodiimide measurements. Identification of new signatures for extrahelical bulges and DMS “hot spot” pockets (including tRNA A58, methylated in vivo) illustrates the utility and necessity of standardization for quantitative RNA mapping.
机译：化学作图实验可提供有关RNA结构的强大信息，但目前在数据处理中涉及特殊假设。我们显示，简单的稀释，参考标准品（GAGUA发夹）和HiTRACE / MAPseeker分析可对电泳数据进行严格的过修饰校正，背景扣除和归一化，以及准确的深度测序数据所需的连接偏倚校正。六个非编码RNA的比较严格地测试了建议的硫酸二甲酯（DMS），2'-OH酰化（SHAPE）和碳二亚胺测量的标准化。鉴定出螺旋外凸起和DMS“热点”口袋（包括体内甲基化的tRNA A58）的新标记，说明了定量RNA作图标准化的实用性和必要性。

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