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【24h】

Post-synthetic Spin-Labeling of RNA through Click Chemistry for PELDOR Measurements

机译：通过点击化学对PELDOR测量进行RNA的合成后自旋标记

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Site-directed spin labeling of RNA based on click chemistry is used in combination with pulsed electron-electron double resonance (PELDOR) to benchmark a nitroxide spin label, called here dU. We compare this approach with another established method that employs the rigid spin label Cm for RNA labeling. By using CD spectroscopy, thermal denaturation measurements, CW-EPR as well as PELDOR we analyzed and compared the influence of dU and Cm on a self-complementary RNA duplex. Our results demonstrate that the conformational diversity of dU is significantly reduced near the freezing temperature of a phosphate buffer, resulting in strongly orientation-selective PELDOR time traces of the dU-labeled RNA duplex.
机译：基于点击化学的RNA定点自旋标记与脉冲电子双共振（PELDOR）结合使用，以对一氧化氮自旋标记进行基准测试，此处称为dU。我们将此方法与采用刚性自旋标记Cm进行RNA标记的另一种已建立方法进行比较。通过使用CD光谱，热变性测量，CW-EPR以及PELDOR，我们分析并比较了dU和Cm对自互补RNA双链体的影响。我们的结果表明，在磷酸盐缓冲液的冷冻温度附近，dU的构象多样性显着降低，从而导致dU标记的RNA双链体具有强烈的方向选择性PELDOR时间迹。

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