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Development of single nucleotide polymorphism (SNP) markers from the mango {Mangifera indica) transcriptome for mapping and estimation of genetic diversity

机译：芒果（Mangifera indica）转录组中单核苷酸多态性（SNP）标记的开发，用于定位和估计遗传多样性

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The development of molecular markers for genomic studies in Mangifera indica (mango) will allow marker-assisted selection and identification of genetically diverse germplasm, greatly aiding mango breeding programs. We report here our identification ofthousands of unambiguous molecular markers that can be easily assayed across genotypes of the species. With origin centered in Southeast Asia, mangos are grown throughout the tropics and subtropics as a nutritious fruit that exhibits remarkable intraspecific phenotypic diversity. With the goal of building a high density genetic map, we have undertaken discovery of sequence variation in expressed genes across a broad range of mango cultivars. A transcriptome sequence reference was built de novo from extensive sequencing and assembly of RNA from cultivar 'Tommy Atkins'. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in protein coding transcripts were determined from alignment of RNA reads from 24 mango cultivars of diverse origins: 'Amin Abrahimpur' (India), 'Aroemanis' (Indonesia), 'Burma' (Burma), CAC (Hawaii), 'Duncan' (Florida), 'Edward' (Florida), 'Everbearing' (Florida), 'Gary' (Florida), 'Hodson' (Florida), 'Itamaraca' (Brazil), 'Jakarata' (Florida), 'Long' (Jamaica), 'M. Casturi Purple' (Borneo), 'Malindi' (Kenya), 'Mulgoba' (India), 'Neelum' (India), 'Peach' (unknown), 'Prieto' (Cuba), 'Sandersha' (India), 'Tete Nene' (Puerto Rico), 'Thai Everbearing' (Thailand), 'Toledo' (Cuba), 'Tommy Atkins' (Florida) and 'Turpentine' (West Indies). SNPs in a selected subset of protein coding transcripts are currently being converted into Fluidigm assays for genotyping of mapping populations and germplasm collections. Using an alternate approach, SNPs (144) discovered by sequencing of candidate genes in 'Kensington Pride' have already been converted and used for genotyping.
机译：芒果（Mangifera indica）（芒果）中用于基因组研究的分子标记的开发将允许标记辅助选择和鉴定遗传多样的种质，极大地帮助了芒果育种计划。我们在这里报告我们对数千种明确的分子标记的鉴定，这些标记可以轻松地跨物种的基因型进行分析。芒果起源于东南亚，是一种营养丰富的水果，遍布热带和亚热带，显示出非凡的种内表型多样性。为了构建高密度的遗传图谱，我们进行了芒果品种广泛表达基因序列变异的发现。从品种'Tommy Atkins'的RNA的广泛测序和装配中重新构建了转录组序列参考。蛋白质编码转录本中的单核苷酸多态性（SNP）是通过比对来自24个不同起源的芒果品种的RNA读数来确定的：“ Amin Abrahimpur”（印度），“ Aroemanis”（印度尼西亚），“ Burma”（缅甸），CAC（夏威夷） ），“邓肯”（佛罗里达），“爱德华”（佛罗里达），“爱抚者”（佛罗里达），“加里”（佛罗里达），“霍德森”（佛罗里达），“伊塔马拉卡”（巴西），“雅加达”（佛罗里达） ，“长”（牙买加），“ M。 Casturi Purple（婆罗洲），Malindi（肯尼亚），Mulgoba（印度），Neelum（印度），Peach（未知），Prieto（古巴），Sandersha（印度），' Tete Nene（波多黎各），Thai Everbearing（泰国），Toledo（古巴），Tommy Atkins（佛罗里达）和Turpentine（西印度群岛）。目前正在将蛋白质编码转录本的选定子集中的SNP转换为Fluidigm分析法，以用于作图群体和种质收集的基因分型。使用另一种方法，通过对“肯辛顿骄傲”中候选基因进行测序而发现的SNP（144）已被转换并用于基因分型。

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