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首页> 外文期刊>The Journal of Chemical Physics >Accurate calculations of the hydration free energies of druglike molecules using the reference interaction site model
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Accurate calculations of the hydration free energies of druglike molecules using the reference interaction site model

机译：使用参考相互作用位点模型精确计算类药物分子的水合自由能

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We report on the results of testing the reference interaction site model (RISM) for the estimation of the hydration free energy of druglike molecules. The optimum model was selected after testing of different RISM free energy expressions combined with different quantum mechanics and empirical force-field methods of structure optimization and atomic partial charge calculation. The final model gave a systematic error with a standard deviation of 2.6 kcal/mol for a test set of 31 molecules selected from the SAMPL1 blind challenge set [J. P. Guthrie, J. Phys. Chem. B 113, 4501 (2009)]. After parametrization of this model to include terms for the excluded volume and the number of atoms of different types in the molecule, the root mean squared error for a test set of 19 molecules was less than 1.2 kcal/mol.
机译：我们报告测试参考相互作用位点模型（RISM）估计药物样分子水合自由能的结果。在测试了不同的RISM自由能表达式后，结合不同的量子力学以及结构优化和原子偏电荷计算的经验力场方法，选择了最佳模型。对于从SAMPL1盲攻击组中选择的31个分子的测试集，最终模型给出了系统误差，标准偏差为2.6 kcal / mol。 P.Guthrie，J.Phys。化学B 113，4501（2009）]。在对该模型进行参数化以包括排除体积和分子中不同类型原子的数量的术语后，包含19个分子的测试集的均方根误差小于1.2 kcal / mol。

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