...
  • 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>The journal of physical chemistry, B. Condensed matter, materials, surfaces, interfaces & biophysical >Treating entropy and conformational changes in implicit solvent Simulations of small molecules
【24h】

Treating entropy and conformational changes in implicit solvent Simulations of small molecules

机译：在隐式溶剂中处理熵和构象变化小分子模拟

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

Implicit solvent models are increasingly popular for estimating aqueous solvation (hydration) free energies in molecular simulations and other applications. In many cases, parameters for these models are derived to reproduce experimental values for small molecule hydration free energies. Often, these hydration free energies are computed for a single solute conformation, neglecting solute conformational changes upon solvation. Here, we incorporate these effects using alchemical free energy methods. We find significant errors when hydration free energies are estimated using only a single solute conformation, even for relatively small, simple, rigid solutes. For example, we find conformational entropy (T Delta S) changes of up to 2.3 kcal/mol upon hydration. Interestingly, these changes in conformational entropy correlate poorly (R-2=0.03) with the number of rotatable bonds. The present study illustrates that implicit solvent modeling can be improved by eliminating the approximation that solutes are rigid.
机译：隐式溶剂模型在分子模拟和其他应用中越来越普遍地用于估计水溶液中的溶剂化（水合）自由能。在许多情况下，可以导出这些模型的参数以重现小分子水合自由能的实验值。通常，这些水合自由能是针对单个溶质构象计算的，而忽略了溶剂化时溶质构象的变化。在这里，我们使用炼金术自由能方法纳入这些效应。当仅使用单个溶质构象估算水合自由能时，即使对于相对较小，简单，刚性的溶质，我们也会发现重大错误。例如，我们发现水合后构象熵（T Delta S）变化高达2.3 kcal / mol。有趣的是，构象熵的这些变化与可旋转键的数量相关性很弱（R-2 = 0.03）。本研究表明，通过消除溶质是刚性的近似值，可以改进隐式溶剂建模。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号