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首页> 外文期刊>International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions >Carbohydrate - Protein aromatic ring interactions beyond CH/pi interactions: A Protein Data Bank survey and quantum chemical calculations
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Carbohydrate - Protein aromatic ring interactions beyond CH/pi interactions: A Protein Data Bank survey and quantum chemical calculations

机译：碳水化合物 - 蛋白质芳香环相互作用超出CH / PI相互作用：蛋白质数据库调查和量子化学计算

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The geometries of the contacts between monosaccharides and aromatic rings of amino adds found in X-ray crystallography structures, in the Protein Data Bank (PDB), were analyzed, while the energies of the interactions were calculated using quantum chemical method. We found 1913 sugar/aromatic ring contacts, 1054 of them (55%) with CH/pi interactions and 859 of them (45%) without CH/pi interactions. We showed that only the carbohydrate/aromatic contacts with CH/pi interactions are preferentially parallel and enable sliding in the plane parallel to aromatic ring. The calculated interaction energies in systems with CH/pi interactions are in the range from -1.7 kcal/mol to -6.8 kcal/mol, while in the systems without CH/pi interactions are in the range -0.2 to -32 kcal/mol. Hence, the binding that does not include CH/pi interactions, can also be important for aromatic amino acid and carbohydrate binding processes, since some of these interactions can be as strong as the CH/pi interactions. At the same time, these interactions can be weak enough to enable releasing of small carbohydrate fragments after the enzymatic reaction. The analysis of the protein-substrate patterns showed that every second or third carbohydrate unit in long substrates stacks with protein aromatic amino acids. (C) 2020 Published by Elsevier B.V.
机译：分析在蛋白质数据库（PDB）中，在X射线晶体结构中发现的单糖和氨基补充剂的偶像之间的几何形状，同时使用量子化学方法计算相互作用的能量。我们发现1913种糖/芳香环触点，其中1054个（55％），其中CH / PI相互作用和859个（45％），没有CH / PI相互作用。我们表明，只有与CH / PI相互作用的碳水化合物/芳族触点优先平行，并且能够在平行于芳环的平面中滑动。具有CH / PI相互作用的系统中的计算的相互作用能量在-1.7kcal / mol至-6.8 kcal / mol的范围内，而在没有CH / Pi相互作用的系统中，在-0.2至-32 kcal / mol的系统中。因此，不包括CH / PI相互作用的结合也可能对芳族氨基酸和碳水化合物结合过程重要，因为一些相互作用可以与CH / PI相互作用一样强。同时，这些相互作用足以使酶反应后能够释放小的碳水化合物片段。蛋白质基质图案的分析表明，长基质中的每一秒或第三碳水化合物单元与蛋白质芳族氨基酸堆叠。 （c）2020由elsevier b.v发布。

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