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首页> 外文期刊>International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions >Evolution of the CLOCK and BMAL1 genes in a subterranean rodent species (Lasiopodomys mandarinus)
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Evolution of the CLOCK and BMAL1 genes in a subterranean rodent species (Lasiopodomys mandarinus)

机译：地下啮齿动物物种中时钟和BMA1基因的演变（Lasiopodomys Mandarinus）

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Lasiopodomys mandarinus, a subterranean rodent, spends its entire life underground. To test whether the CLOCK and BMAL1 genes of L. mandarinus have undergone adaptive evolution to underground darkness, we cloned and analyzed their complete cDNA sequences, using Lasiopodomys brandtii as a control. The phylogenetic trees of the CLOCK and BMAL1 genes were similar to the trees of the conserved Cyt b gene, further, L. mandarinus clustered with L. brandtii and Microtus ochrogaster in the phylogenetic tree. The Q-rich region of the CLOCK gene in L. mandarinus was different from that of other subterranean rodents. Using phylogenetic analysis maximum likelihood (PAML), the omega value (omega < 1) in different lineages showed that both genes have undergone purifying selection. The M8 model identified some positive selection sites in the CLOCK gene, most of which were located in the trans-transcription activation domain (TAD). In conclusion, CLOCK and BMAL1 genes did not exhibit convergent molecular evolution in subterranean rodents. Moreover, our study highlights the important functionality of the TAD, which is putatively of functional relevance to CLOCK protein activity. The present findings provide novel insights into adaptation to underground darkness, at the gene level, in subterranean rodents. (C) 2017 Elsevier B.V. All rights reserved.
机译：Lasiopodomys普通话，地下啮齿动物，整个生活都在地下。为了测试L.Umanarinus的时钟和BMA11基因是否经过适应性的进化到地下黑暗，我们克隆并分析了它们的完整cDNA序列，使用Lasiopodomys BrandTii作为控制。时钟和BMA11基因的系统发育树类似于保守的Cyt B基因的树木，进一步，L.umanarinus与L.BrandtII和Microotus Ochrogaster聚集在系统发育树中。 L.Mandarinus的Q富核基因的富型区域与其他地下啮齿动物的Q型区域不同。使用系统发育分析最大可能性（PAML），不同谱系中的ω值（Omega <1）表明，两个基因都经过净化选择。 M8模型鉴定了时钟基因中的一些阳性选择位点，其中大部分位于转录激活结构域（TAD）中。总之，时钟和BMA11基因在地下啮齿动物中没有表现出会聚分子演变。此外，我们的研究突出了TAD的重要功能，这是与时钟蛋白活动的功能相关性。本发现在地下啮齿动物中，在基因水平，在基因水平，在地下黑暗中的适应性方面提供了新的洞察。 （c）2017年Elsevier B.V.保留所有权利。

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