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Predicting reaction coordinates in energy landscapes with diffusion anisotropy

机译：预测扩散各向异性能量景观中的反应坐标

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We consider a range of model potentials with metastable states undergoing molecular dynamics coupled to a thermal bath in the high friction regime and consider how the optimal reaction coordinate depends on the diffusion anisotropy. For this we use our recently proposed method "spectral gap optimization of order parameters (SGOOP)" [P. Tiwary and B. J. Berne, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 113, 2839 (2016)]. We show how available information about dynamical observables in addition to static information can be incorporated into SGOOP, which can then be used to accurately determine the "best" reaction coordinate for arbitrary anisotropies. We compare our results with transmission coefficient calculations and published benchmarks wherever applicable or available, respectively. Published by AIP Publishing.
机译：我们考虑一种具有稳定性状态的模型电位，经历高摩擦制度中的热浴中的分子动力学，并考虑最佳反应坐标如何取决于扩散各向异性。 为此，我们使用我们最近提出的方法“顺序参数的光谱间隙优化（SGOOP）”[P. Tiwary和B. J. Berne，Proc。 Natl。 阿卡。 SCI。 U. S. A. 113,2839（2016年）]。 对于静态信息除了静态信息之外，我们展示了有关动态可观察物的可用信息如何纳入SGOOP，然后可以用于精确地确定任意各向异性的“最佳”反应坐标。 我们将结果与传输系数计算和在适用或可用的地方进行了发布的基准。 通过AIP发布发布。

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