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UNIT 14.13 MetaboLights: An Open-Access Database Repository for Metabolomics Data

机译：UNIT 14.13 MetaboLights：代谢组学数据的开放访问数据库存储库

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MetaboLights is the first general purpose, open-access database repository for cross-platform and cross-species metabolomics research at the European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). Based upon the open-source ISA framework, MetaboLights providesMetabolomics Standard Initiative (MSI) compliant metadata and raw experimental data associated with metabolomics experiments. Users can upload their study datasets into the MetaboLights Repository. These studies are then automatically assigned a stable and unique identifier (e.g., MTBLS1) that can be used for publication reference. The MetaboLights Reference Layer associates metabolites with metabolomics studies in the archive and is extensively annotated with data fields such as structural and chemicalinformation, NMR and MS spectra, target species, metabolic pathways, and reactions. The database is manually curated with no specific release schedules. MetaboLights is also recommended by journals for metabolomics data deposition. This unit provides aguide to using MetaboLights, downloading experimental data, and depositing metabolomics datasets using user-friendly submission tools.
机译：MetaboLights是欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）进行跨平台和跨物种代谢组学研究的第一个通用开放数据库数据库。基于开源ISA框架，MetaboLights提供了与Metabolomics Standard Initiative（MSI）兼容的元数据以及与代谢组学实验相关的原始实验数据。用户可以将他们的研究数据集上传到MetaboLights存储库中。然后为这些研究自动分配一个稳定且唯一的标识符（例如MTBLS1），该标识符可用于发布参考。 MetaboLights参考层将代谢物与档案库中的代谢组学研究相关联，并广泛注释了数据字段，例如结构和化学信息，NMR和MS光谱，目标物种，代谢途径和反应。该数据库是手动管理的，没有特定的发布时间表。期刊也建议使用MetaboLights进行代谢组学数据的存储。本单元提供了使用MetaboLights，下载实验数据以及使用用户友好的提交工具保存代谢组学数据集的指南。

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