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A Membrane Protein Complex Docking Benchmark

机译：膜蛋白复杂对接基准

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We report the first membrane protein protein docking benchmark consisting of 37 targets of diverse functions and folds. The structures were chosen based on a set of parameters such as the availability of unbound structures, the modeling difficulty and their uniqueness. They have been cleaned and consistently numbered to facilitate their use in docking. Using this benchmark, we establish the baseline performance of HADDOCK, without any specific optimization for membrane proteins, for two scenarios: true interface-driven docking and ab initio docking. Despite the fact that HADDOCK has been developed for soluble complexes, it shows promising docking performance for membrane systems, but there is clearly room for further optimization. The resulting set of docking decoys, together with analysis scripts, is made freely available. These can serve as a basis for the optimization of membrane complex-specific scoring functions. (C) 2018 The Authors. Published by Elsevier Ltd.
机译：我们报告了由37个不同功能和褶皱的目标组成的第一膜蛋白蛋白质对接基准。 基于一组参数选择了结构，例如未结合结构的可用性，建模难度及其唯一性。 他们已经清洁并一贯编号，以方便他们在对接中使用。 使用该基准测试，我们建立了壁虎的基线性能，而没有任何特定的膜蛋白优化，两个场景：真正的接口驱动对接和AB Initio对接。 尽管具有用于可溶性复合物的Haddock的事实，它显示了对膜系统的承诺对接性能，但显然是进一步优化的空间。 由此产生的对接诱饵与分析脚本一起进行自由可用。 这些可以作为优化膜复合特异性评分功能的基础。 （c）2018年作者。 elsevier有限公司出版

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