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首页> 外文期刊>Biophysical Chemistry: An International Journal Devoted to the Physical Chemistry of Biological Phenomena >Contribution of 3 ' T and 3 ' TT overhangs to the thermodynamic stability of model siRNA duplexes
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Contribution of 3 ' T and 3 ' TT overhangs to the thermodynamic stability of model siRNA duplexes

机译：3'T和3'TT悬垂对模型siRNA双工的热力学稳定性的贡献

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Herein, we report comprehensive thermodynamic studies on 36 RNA/DNA duplexes designed as siRNA mimics to determine the energetic contribution of 3'T and 3'TT dangling ends. The thermodynamic effect induced by the presence of 3'T overhangs on the stability of RNA duplexes ranges from -0.28 to -0.92 kcal/mol and strongly depends on the type and orientation of the adjacent base pair. Further extension of the 3'-dangling end length, by a second T residue, results in additional stabilization of 0.14 to 0.21 kcal/mol. The results revealed that the thermodynamic contribution of 3'-dangling T and TT on RNA duplexes differs from the influence of 3'-dangling U and UU on RNA duplexes and 3'-dangling T and IT on DNA duplexes. This data suggests that using the contribution of 3'-dangling T values for RNA duplexes, instead of 3'-dangling T values for DNA duplexes or 3'-dangling U values for RNA duplexes, would improve the prediction of the stability of siRNA duplexes.
机译：在此，我们报告了综合热力学研究，旨在作为siRNA模仿的36个RNA / DNA双链体，以确定3点的能量贡献，3'tt悬空的结束。 通过对RNA双工稳定性的存在诱导的热力学效应从-0.28至-0.92kcal / mol的范围，强烈取决于相邻碱基对的类型和取向。 通过第二T残基的3'悬空端长的进一步延伸，导致额外的稳定性为0.14至0.21kcal / mol。 结果表明，3'悬空T和TT对RNA双链体的热力学贡献不同于3'悬空U和UU对RNA双链体和3'-Lainling T及其在DNA双链体上的影响。 该数据表明，使用RNA双链体的3'-Lableling T值的贡献，而不是用于DNA双链体的3'-Wallling T值或RNA双工的3'悬空U值，将改善SiRNA双链体稳定性的预测 。

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