Using the sORFs.Org Database

Volodimir Olexiouk; Gerben Menschaert

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Using the sORFs.Org Database

机译：使用sorfs.org数据库

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Ribosome profiling involves sequencing of approximately 30-base-longstretches of ribosome-protected mRNA. The technique enables genome-widemapping of RNA undergoing active translation. Numerous small open readingframes have been identified by using ribosome profiling, leading researchersto question the assumed non-functional character of sORFs and tothe identification of various important sORF translation products. sORFs.org(https://www.sorfs.org) is a public repository of small open reading framesidentified by ribosome profiling in a database of over 3 million sORFs across78 datasets from six species. sORFs.org is a multi-omics endeavor providingtools and metrics to assess the coding potential of the delineated sORFs. Apipeline is also in place to systematically rescan public mass spectrometrydatasets to acquire new experimental evidence for sORF-encoded polypeptides.sORFs.org provides two distinct query interfaces, export functionality,and various visualization tools to enable inspection of the available information.

机译：核糖体分析涉及测序核糖体保护的mRNA的大约30碱基的长度。该技术使RNA正在进行的积极翻译的基因组剥离。通过使用核糖体分析，领先的研究所问题已经确定了许多小型开放式阅读帧问题质疑SORFS的假定非功能性特征和各种重要的SORF翻译产品的鉴定。 Sorfs.org（https://www.sorfs.org）是核糖体谱的小型开放阅读框架，在78多个物种中的300多万SORF中的数据库中。 SORFS.ORG是一个多OMICS ENDEAVOR提供机构和指标，以评估DELINATED SORF的编码潜力。 ApipeLine还用于系统地重新扫描公共质谱，以获取SORF编码Polypeptions的新实验证据.SORFS.ORG提供了两个不同的查询接口，导出功能和各种可视化工具，以便检查可用信息的检查。

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来源
《Current Protocols in Bioinformatics》 |2019年第1期|共19页
作者
Volodimir Olexiouk; Gerben Menschaert;
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作者单位

Department of Mathematical Modelling Statistics and Bioinformatics Universiteit GentFaculteit Bio-Ingenieurswetenschappen Gent Belgium;

Department of Mathematical Modelling Statistics and Bioinformatics Universiteit GentFaculteit Bio-Ingenieurswetenschappen Gent Belgium;

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收录信息
原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类遗传学;
关键词
micropeptide; ribosome profiling; SEP; small open reading; frame; sORF;

机译：微肽;核糖体剖面;SEP;小型读数;框架;SORF;

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