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How to Illuminate the Dark Proteome Using the Multi-omic OpenProt Resource

机译：如何使用多OMIC OpenProT资源来照亮黑暗蛋白质组

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Ten of thousands of open reading frames (ORFs) are hidden within genomes. These alternative ORFs, or small ORFs, have eluded annotations because they are either small or within unsuspected locations. They are found in untrans-lated regions or overlapa known coding sequence in messenger RNA and anywhere in a “non-coding” RNA. Serendipitous discoveries have highlighted these ORFs’ importance in biological functions and pathways. With their discovery came the need for deeper ORF annotation and large-scale mining of public repositories to gather supporting experimental evidence. OpenProt, accessible at https:// openprot.org/, is the rst proteogenomic resource enforcing a polycistronic model of annotation across an exhaustive transcriptome for 10 species. Moreover, OpenProt reports experimental evidence cumulated across a re-analysis of 114 mass spectrometry and 87 ribosome proling datasets. The multi-omics OpenProt resource also includes the identication of predicted functional domains and evaluation of conservation for all predicted ORFs. The OpenProt web server provides two query interfaces and one genome browser. The query interfaces allow for exploration of the coding potential of genes or transcripts of interest as well as custom downloads of all information contained in OpenProt.
机译：成千上万的开放阅读框架（ORF）隐藏在基因组中。这些替代ORF或小ORF，具有耗尽的注释，因为它们是小或未缺点的位置。它们在Messenger RNA中的未经过于阴性区域或重叠的编码序列中发现，并且在“非编码”RNA中的任何位置。 Serenchipitous的发现突出了这些ORF在生物学功能和途径中的重要性。随着他们的发现，需要更深入的ORF注释和大型挖掘公共存储库，以收集支持实验证据。 OpenProT，可在HTTPS：// OpenProT.org/可访问，是rst突介质资源强制执行10种穷举转录组的注释模型。此外，OpenProT报告了在114质谱和87个核糖体推动数据集的再分析中累积的实验证据。多OMICS OpenProT资源还包括预测功能域的识别和所有预测ORF的保护评估。 OpenProT Web服务器提供两个查询接口和一个基因组浏览器。查询接口允许探讨基因或感兴趣的成绩单的编码潜力以及OpenProT中包含的所有信息的自定义下载。

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