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UNIT 13.31 Using the PRIDE Database and ProteomeXchange for Submitting and Accessing Public Proteomics Datasets

机译:单元13.31使用vide数据库和proteomexchange来提交和访问公共蛋白质组学数据集

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摘要

The ProteomeXchange (PX) Consortium is the unifying framework for world-leading mass spectrometry (MS)–based proteomics repositories. Current members include the PRIDE database (U.K.), PeptideAtlas/PASSEL, and MassIVE (U.S.A.), and jPOST (Japan). TheConsortium standardizes submission and dissemination of public proteomics data worldwide. This is achieved through implementing common data submission guidelines and enforcing metadata requirements by each of the members. Furthermore, the members use acommon identifier space. Each dataset receives a unique (PXD) accession number and is publicly accessible as soon as the associated scientific publications are released. The two basic protocols provide a step-by-step guide on how to submit data to the PRIDE database, and describe how to access the PX portal (called ProteomeCentral), which can be used to search datasets available in any of the PX members.
机译:ProteomexChange(PX)联盟是世界领先的质谱(MS)的统一框架 - 基于MS的蛋白质组学储存库。 当前成员包括骄傲数据库(U.K.),PeptidAtlas / Passel和Massive(U.S.A.)和JPost(日本)。 Theconsortium标准化全球公共蛋白质组学数据的提交和传播。 这是通过实现公共数据提交指南和每个成员执行元数据要求来实现的。 此外,成员使用Acommon标识符空间。 每个数据集都会收到唯一(PXD)登录号,并且只要发布相关的科学出版物就可以公开访问。 这两个基本协议提供了如何将数据提交到骄傲数据库的逐步指南,并介绍如何访问PX门户(称为ProteoMeCentral),该PX门户(称为ProteoMeCentral)可用于搜索任何PX成员中可用的数据集。

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