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Single Molecule RNA FISH (smFISH) in Whole-Mount Mouse Embryonic Organs

机译：单分子RNA鱼（Smfish）在全山胚胎器官

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Single molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smFISH) has become the standard tool for high spatial resolution analysis of gene expression in the context of tissue organization. This article describes protocols to perform smFISH on whole-mount mouse embryonic organs, where tissue organization can be compared to RNA expression by co-immunostaining of known protein markers. An enzymatic labeling strategy is also introduced to produce low-cost smFISH probes. Important considerations and practical guidelines for imaging smFISH samples using fluorescence confocal microscopy are described. Finally, a suite of custom-written ImageJ macros is included with detailed instructions to enable semi-automated smFISH image analysis of both 2D and 3D images.
机译：原位杂交（SMFISH）的单分子RNA荧光已成为组织组织中基因表达的高空间分辨率分析的标准工具。 本文介绍了在全坐鼠胚胎器官上执行SMFISH的协议，其中通过通过已知的蛋白质标记的共免疫染色可以将组织组织组织与RNA表达进行比较。 还引入了酶标策略以生产低成本的Sm鱼探针。 描述了使用荧光共聚焦显微镜进行成像SM鱼样品的重要考虑因素和实用指南。 最后，包含一套自定义的ImageJ宏，包括详细说明，以启用2D和3D图像的半自动SMFISH图像分析。

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