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【24h】

Performing Highly Efficient Genome Scans for Local Adaptation with R Package pcadapt Version 4

机译：对本地适应的高效基因组扫描与R包PCADAPT版本4

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R package pcadapt is a user-friendly R package for performing genome scans for local adaptation. Here, we present version 4 of pcadapt which substantially improves computational efficiency while providing similar results. This improvement is made possible by using a different format for storing genotypes and a different algorithm for computing principal components of the genotype matrix, which is the most computationally demanding step in method pcadapt. These changes are seamlessly integrated into the existing pcadapt package, and users will experience a large reduction in computation time (by a factor of 20-60 in our analyses) as compared with previous versions.
机译：R包PCADAPT是一个用于对本地适应的基因组扫描进行基因组扫描的用户友好R包。 在这里，我们呈现PCADATT的版本4，其在提供类似结果的同时显着提高计算效率。 通过使用不同的格式来实现这种改进，用于存储基因型和用于计算基因型矩阵的主要组成部分的不同算法，这是PCADAPT方法中最具计算要求苛刻的步骤。 与以前的版本相比，这些更改无缝集成到现有的PCADAPT包中，用户将在计算时间（在我们的分析中达到20-60倍）。

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