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Hybrid Monte Carlo with LAMMPS

机译：Hybrid蒙特卡洛与leamps

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We describe a strategy for performing canonical and isothermal-isobaric ensemble hybrid Monte Carlo (HMC) simulations with the widely-used Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator (LAMMPS) molecular dynamics (MD) software package. The overall workflow for the HMC simulations is handled using an external Python driver script, which invokes LAMMPS' library interface to perform numerically intensive tasks such as MD integration. We document several rigorous consistency checks that have been used to validate our HMC implementation. We also demonstrate that our approach can be readily extended to implement biased HMC sampling schemes for computing free energies. Codes and input files from the documented examples are available on the web.
机译：我们描述了一种用广泛使用的大型原子/分子大规模平行模拟器（LAMMP）分子动力学（MD）软件包进行了典型和等温 - 等离性体集合杂交蒙特卡罗（HMC）模拟的策略。 HMC模拟的整体工作流程由外部Python驱动程序脚本处理，该脚本调用Lammps的库界面以执行数值密集的任务，例如MD集成。 我们记录了用于验证我们HMC实施的几种严格一致性检查。 我们还证明我们的方法可以很容易地扩展以实现用于计算自由能的偏置HMC采样方案。 文档示例中的代码和输入文件可在Web上使用。

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