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首页> 外文期刊>Biochemistry >Folding mechanism of the Tetrahymena ribozyme P4-P6 domain.
【24h】

Folding mechanism of the Tetrahymena ribozyme P4-P6 domain.

机译：四核核酶P4-P6结构域的折叠机理。

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Synchrotron X-ray-dependent hydroxyl radical footprinting was used to probe the folding kinetics of the P4-P6 domain of the Tetrahymena group I ribozyme, which forms a stable, closely packed tertiary structure. The 160-nt domain folds independently at a similar rate (approximately 2 s(-1)) as it does in the ribozyme, when folding is measured in 10 mM sodium cacodylate and 10 mM MgCl(2). Surprisingly, tertiary interactions around a three-helix junction (P5abc) within the P4-P6 domain fold at least 25 times more rapidly (k >/= 50 s(-1)) in isolation, than when part of the wild-type P4-P6 RNA. This difference implies that long-range interactions in the P4-P6 domain can interfere with folding of P5abc. P4-P6 was observed to fold much faster at higher ionic strength than in 10 mM sodium cacodylate. Analytical centrifugation was used to measure the sedimentation and diffusion coefficients of the unfolded RNA. The hydrodynamic radius of the RNA decreased from 58 to 46 A over the range of 0-100 mM NaCl. We propose that at low ionic strength, the addition of Mg(2+) causes the domain to collapse to a compact intermediate where P5abc is trapped in a non-native structure. At high ionic strength, the RNA rapidly collapses to the native structure. Faster folding most likely results from a different average initial conformation of the RNA in higher salt conditions.
机译：Synchrotron X射线依赖性羟基自由基脚印用于探测Tetrahymena Group I核酶P4-P6结构域的折叠动力学，其形成稳定的紧密填充的三级结构。 160-NT结构域以类似的速率（约2S（-1））独立折叠，在核酶中，当在10mM加基脱盐酸钠和10mM MgCl（2）中测量折叠时。令人惊讶的是，在P4-P6结构域内的三螺旋结（P5ABC）围绕三螺旋结（P5ABC）的三级相互作用在分离中快速折叠至少25倍（K> / = 50 s（-1）），而不是野生型P4的一部分时-P6 RNA。这种差异意味着P4-P6结构域中的远程相互作用可能会干扰p5abc的折叠。观察到P4-P6在更高的离子强度下折叠得比在10mM的Cacocylylate中更快。分析离心用于测量展开RNA的沉降和扩散系数。 RNA的流体动力半径从58至46a降低，在0-100mm NaCl的范围内。我们提出，在低离子强度下，添加Mg（2+）使域塌陷到紧凑的中间体，其中P5ABC被捕获在非本地结构中。在高离子强度下，RNA迅速塌陷到天然结构。更快的折叠最有可能从盐条件下的RNA的不同平均初始构象产生。

著录项

  • 来源
    《Biochemistry》 |2000年第36期|共11页
  • 作者

    Deras ML; Brenowitz M; Ralston CY; Chance MR; Woodson SA;

  • 作者单位

    Thomas C. Jenkins Department of Biophysics Johns Hopkins University 3400 North Charles Street Baltimore Maryland 21218-2685 USA.;

    Laboratoire de Physico - &

    Toxico-Chimie (LPTC) des Systems Naturels UMR 5472 CNRS Universite de Bordeaux I 351 cours de la Liberation 33405 Talence Cededx France.;

    Laboratoire de Physico - &

    Toxico-Chimie (LPTC) des Systems Naturels UMR 5472 CNRS Universite de Bordeaux I 351 cours de la Liberation 33405 Talence Cededx France.;

    Laboratoire de Physico - &

    Toxico-Chimie (LPTC) des Systems Naturels UMR 5472 CNRS Universite de Bordeaux I 351 cours de la Liberation 33405 Talence Cededx France.;

    Laboratoire de Physico - &

    Toxico-Chimie (LPTC) des Systems Naturels UMR 5472 CNRS Universite de Bordeaux I 351 cours de la Liberation 33405 Talence Cededx France.;

  • 收录信息
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 生物化学;
  • 关键词

    Nucleic Acid Conformation; RNA; Catalytic; Tetrahymena; RNA; Protozoan; Hydroxyl Radical; 核酸构象; RNA; 催化; 四膜虫属;

    机译：Nucleic Acid Conformation;RNA;Catalytic;Tetrahymena;RNA;Protozoan;Hydroxyl Radical;核酸构象;RNA;催化;四膜虫属;

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