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【24h】

Three-Dimensional Protein Structure Determination Using Pseudocontact Shifts of Backbone Amide Protons Generated by Double-Histidine Co2+-Binding Motifs at Multiple Sites

机译：在多个位点处使用双组氨酸CO2 + - 耦合基序产生的骨干酰胺质子的伪动脉叶片的三维蛋白质结构测定

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摘要

Pseudocontact shifts (PCSs) generated by paramagnetic metal ions contribute highly informative long-range structure restraints that can be measured in solution and are ideally suited to guide structure prediction algorithms in determining global protein folds. We recently demonstrated that PCSs, which are relatively small but of high quality, can be generated by a double-histidine (dHis) motif in an alpha-helix, which provides a well-defined binding site for a single Co2+ ion. Here we show that PCSs of backbone amide protons generated by dHis-Co2+ motifs positioned in four different alpha-helices of a protein deliver excellent restraints to determine the three-dimensional (3D) structure of a protein in a way akin to the global positioning system (GPS). We demonstrate the approach with GPS-Rosetta calculations of the 3D structure of the C-terminal domain of the chaperone ERp29 (ERp29-C). Despite the relatively small size of the PCSs generated by the dHis-Co2+ motifs, the structure calculations converged readily. Generating PCSs by the dHis-Co2+ motif thus presents an excellent alternative to the use of lanthanide tags.
机译：由顺磁金属离子产生的伪变换（PCS）有助于在溶液中测量的高度信息性的远程结构限制，并且理想地适用于确定全局蛋白质折叠的结构预测算法。我们最近证明，相对较小但高质量的PC可以通过α-螺旋中的双组氨酸（DHIS）基序产生，其为单个CO 2 +离子提供明确定义的结合位点。在这里，我们表明，位于蛋白质的四种不同α-螺旋中的DHIS-CO2 +基序产生的骨干酰胺质子的PC提供了优异的限制，以确定蛋白质的三维（3D）结构，以类似于全球定位系统的方式（全球定位系统）。我们展示了伴随伴侣ERP29（ERP29-C）的C末端结构域的3D结构的GPS-ROSETTTA计算的方法。尽管DHIS-CO2 +主题产生的PC尺寸相对较小，但结构计算易于融合。因此，通过DHIS-CO2 +基序产生PCS，因此呈现出镧系元素标签的优异替代方案。

著录项

  • 来源
    《Biochemistry》 |2019年第30期|共8页
  • 作者

    Bahramzadeh Alireza; Huber Thomas; Otting Gottfried;

  • 作者单位

    Australian Natl Univ Res Sch Chem Canberra ACT 2601 Australia;

    Australian Natl Univ Res Sch Chem Canberra ACT 2601 Australia;

    Australian Natl Univ Res Sch Chem Canberra ACT 2601 Australia;

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  • 正文语种 eng
  • 中图分类 生物化学;
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