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Computational Models of Protein Kinematics and Dynamics: Beyond Simulation

机译：蛋白质运动学和动力学的计算模型：超越仿真

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Physics-based simulation represents a powerful method for investigating the time-varying behavior of dynamic protein systems at high spatial and temporal resolution. Such simulations, however, can be prohibitively difficult or lengthy for large proteins or when probing the lower-resolution, long-timescale behaviors of proteins generally. Importantly, not all questions about a protein system require full space and time resolution to produce an informative answer. For instance, by avoiding the simulation of uncorrelated, high-frequency atomic movements, a larger, domain-level picture of protein dynamics can be revealed. The purpose of this review is to highlight the growing body of complementary work that goes beyond simulation. In particular, this review focuses on methods that address kinematics and dynamics, as well as those that address larger organizational questions and can quickly yield useful information about the long-timescale behavior of a protein.
机译：基于物理的模拟代表了一种以高时空分辨率研究动态蛋白质系统时变行为的强大方法。但是，对于大型蛋白质，或者通常在探测蛋白质的较低分辨率，长时间尺度的行为时，此类模拟可能会非常困难或冗长。重要的是，并非所有有关蛋白质系统的问题都需要完整的空间和时间分辨率才能产生有用的答案。例如，通过避免模拟不相关的高频原子运动，可以显示蛋白质动力学的更大的域级图像。这篇综述的目的是强调超越模拟的补充性工作的增长。尤其是，本文将重点关注解决运动学和动力学问题的方法，以及解决较大组织问题并能快速获得有关蛋白质长期行为的有用信息的方法。

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