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首页> 外文期刊>In silico biology: An international on computational biology >Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree
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Computer System for Analysis of Molecular Evolution Modes (SAMEM): Analysis of molecular evolution modes at deep inner branches of the phylogenetic tree

机译：分子进化模式分析的计算机系统（SAMEM）：系统发育树深部内部分支的分子进化模式分析

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SAMEM (System for Analysis of Molecular Evolution Modes), a web-based pipeline system for inferring modes of molecular evolution in genes and proteins (http://pixie. bionet. nsc. ru/samem/), is presented. Pipeline 1 performs analyses of protein-coding gene evolution; pipeline 2 performs analyses of protein evolution; pipeline 3 prepares datasets of genes and/or proteins, performs their primary analysis, and builds BLOSUM matrices; pipeline 4 checks if these genes really are protein-coding. Pipeline 1 has an all-new feature, which allows the user to obtain K _R/K _C estimates using several different methods. An important feature of pipeline 2 is an original method for analyzing the rates of amino acid substitutions at the branches of a phylogenetic tree. The method is based on Markov modeling and a non-parametric permutation test, which compares expected and observed frequencies of amino acid substitutions, and infers the modes of molecular evolution at deep inner branches.
机译：介绍了SAMEM（分子进化模式分析系统），这是一个基于Web的管道系统，用于推断基因和蛋白质中的分子进化模式（http：// pixie。bionet。nsc。ru / samem /）。管道1执行蛋白质编码基因进化的分析;管道2执行蛋白质进化分析;管道3准备基因和/或蛋白质的数据集，进行其初步分析，并建立BLOSUM矩阵;管道4检查这些基因是否确实在编码蛋白质。管道1具有全新功能，允许用户使用几种不同方法获得K_R / K_C估计。管道2的重要特征是一种用于分析系统树分支上氨基酸取代率的原始方法。该方法基于马尔可夫模型和非参数排列检验，该检验比较了预期和观察到的氨基酸取代频率，并推断了内部深分支的分子进化模式。

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