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COMPARING TWO-DIMENSIONAL ELECTROPHORETIC GEL IMAGES ACROSS THE INTERNET

机译：跨互联网比较二维电泳凝胶图像

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摘要

Scientists around the world often work on similar data so the need to share results and compare data arises periodically. We describe a method of comparing two two-dimensional (2-D) protein gels of similar samples created in different laboratories to help identify or suggest protein spot identification. Now that 2-D gels and associated databases frequently appear on the Internet, this opens up the possibility of visually comparing one's own experimental 2-D gel image data with data from another gel in a remote Internet database. In general, there are a few ways to compare images: (i) slide one gel (autoradiograph or stained gel) over the other while back-illuminated, or (ii) build a 2-D gel computer database from both gels after scanning and analyzing these gels. These are impractical since in the first case the gel from the Internet database is not locally available. In the second, the costs of building a multi-gel database solely to answer the question of whether a spot is the same spot may be excessive if only a single visual comparison is needed, We describe a distributed gel comparison program (URL: http://www-1mmb.ncifcrf.gov/flicker) which runs on any World Wide Web (WWW) connected computer and is invoked from a Java-capable web browser. One gel image is read from any Internet 2-D gel database (e.g. SWISS-2DPAGE) and the other may reside on the investigator's computer. Images may be more easily compared by first applying spatial warping or other transforms interactively on the user's computer. First, regions of interest are ''landmarked'' with several corresponding points in each gel image, then one gel image is warped to the geometry of the other. As the two gels are rapidly alternated, or flickered, in the same window, the user can slide one gel past the other to visually align corresponding spots by matching local morphology, This flicker-comparison technique may be applied to analyzing other types of one-dimensional and 2-D biomedical images. [References: 28]
机译：世界各地的科学家经常研究相似的数据，因此需要定期共享结果和比较数据。我们描述了一种比较在不同实验室中创建的相似样品的二维（2-D）蛋白质凝胶的方法，以帮助鉴定或建议蛋白质斑点鉴定。现在2-D凝胶和相关的数据库经常出现在Internet上，这为可视化比较自己的实验2-D凝胶图像数据与远程Internet数据库中另一种凝胶的数据提供了可能性。一般而言，有几种比较图像的方法：（i）在逆向照射时将一种凝胶（放射自显影或染色的凝胶）滑到另一种凝胶上，或（ii）扫描后，根据两种凝胶建立二维凝胶计算机数据库分析这些凝胶。这是不切实际的，因为在第一种情况下，Internet数据库中的凝胶不在本地可用。在第二篇文章中，如果仅需要一次视觉比较，仅回答一个斑点是否为同一斑点的问题，建立一个多凝胶数据库的成本可能会过高。我们描述了一种分布式凝胶比较程序（URL：http： //www-1mmb.ncifcrf.gov/flicker），它可以在任何连接了万维网（WWW）的计算机上运行，​​并从支持Java的网络浏览器中调用。一个凝胶图像可从任何Internet 2-D凝胶数据库（例如SWISS-2DPAGE）中读取，另一幅图像可位于研究者的计算机上。通过首先在用户计算机上交互式应用空间变形或其他变换，可以更轻松地比较图像。首先，在每个凝胶图像中用几个相应的点“标记”感兴趣区域，然后将一个凝胶图像扭曲到另一个凝胶图像的几何形状。当两种凝胶在同一窗口中快速交替或闪烁时，用户可以将一种凝胶滑过另一种凝胶，以通过匹配局部形态在视觉上对齐相应的斑点。这种闪烁比较技术可用于分析其他类型的一种二维和二维生物医学图像。 [参考：28]

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