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Pseudomonas aeruginosa displays an epidemic population structure

机译：铜绿假单胞菌显示流行种群结构

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Bacteria can have population structures ranging from the fully sexual to the highly clonal. Despite numerous studies, the population structure of Pseudomonas aeruginosa is still somewhat contentious. We used a polyphasic approach in order to shed new light on this issue. A data set consisting of three outer membrane (lipo)protein gene sequences (porL, proI and oprD), a DNA-based fingerprint (amplified fragment length polymorphism), serotype and pyoverdine type of 73 P. aeruginosa clinical and environmental isolates, collected across the world, was analysed using biological data analysis software. We observed a clear mosaicism in the results, non-congruence between results of different typing methods and a microscale mosaic structure in the oprD gene. Hence, in this network, we also observed some clonal complexes characterized by an almost identical data set. The most recent clones exhibited serotypes O1, 6, 11 and 12. No obvious correlation was observed between these dominant clones and habitat or, with the exception of some recent clones, geographical origin. Our results are consistent with, and even clarify, some seemingly contradictory results in earlier epidemiological studies. Therefore, we suggest an epidemic population structure for P. aeruginosa, comparable with that of Neisseria meningitidis, a superficially clonal structure with frequent recombinations, in which occasionally highly successful epidemic clones arise.
机译：细菌的种群结构可以从完全有性到高度克隆。尽管进行了大量研究，但铜绿假单胞菌的种群结构仍存在争议。为了解决这个问题，我们采用了多相方法。一个数据集，由三个外膜（脂）蛋白基因序列（porL，proI和oprD），基于DNA的指纹图谱（扩增的片段长度多态性），73种铜绿假单胞菌的临床和环境分离株的血清型和嘧啶定类型组成，使用生物数据分析软件对世界进行了分析。我们在结果中观察到明显的镶嵌现象，不同打字方法的结果与oprD基因的微型镶嵌结构之间的不一致。因此，在该网络中，我们还观察到一些克隆复合体，其特征是几乎相同的数据集。最近的克隆表现出血清型O1、6、11和12。在这些优势克隆和栖息地之间，或者除了某些最近的克隆，地理起源之间均未发现明显的相关性。我们的结果与早期流行病学研究中一些看似矛盾的结果一致，甚至是澄清了。因此，我们建议铜绿假单胞菌的流行种群结构与脑膜炎奈瑟氏球菌相当，这是一种具有频繁重组的表面克隆结构，偶尔会出现高度成功的流行性克隆。

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