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【24h】

Identification of an isogenic semidwarf rice cultivar carrying the green revolution sd1 gene by multiplex codominant ASP-PCR and SSR markers

机译：通过多重显性ASP-PCR和SSR标记鉴定带有绿色革命sd1基因的等基因半矮稻品种

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The rice cultivar Hikarishinseiki, a semidwarf isogenotype of Koshihikari carrying the Green Revolution sd1 gene, is increasingly grown in both Japan and the United States. Here, we report DNA diagnosis for Hikarishinseiki targeting its Jukkoku-type sd1 locus, which codes for a defective gibberellin 20-oxidase, with a 1 bp substitution in exon 1 (Jukkoku-type GA20ox-2 mutant allele: Jukkoku-GA20ox-2). An allele-specific primer (ASP)-polymerase chain reaction (PCR) with primers SD1F3 and SD1JR gave a PCR product specific to Jukkoku-GA20ox-2. In addition, ASP-PCR with primers SD1F3 and SD1NRM (which contains a mismatch at the third nucleotide from the 3′-terminus of SD1NR) gave a PCR product specific to non-Jukkoku-GA20ox-2. Multiplex ASP-PCR using SD1F3, VIC dye-labeled SD1JR, and FAM dye-labeled SD1NRM enabled simultaneous codominant detection of Jukkoku-GA20ox-2 and non-Jukkoku-GA20ox-2 among 188 cultivars. Also, Hikarishinseiki is identifiable by RM253 polymorphism from 11 cultivars carrying Jukkoku-GA20ox-2. Taken together, our results establish a methodology for distinguishing Hikarishinseiki.
机译：水稻栽培品种Hikarishinseiki是带有绿色革命sd1基因的越光的半矮同种型，在日本和美国都越来越多地种植。在这里，我们报告了针对Hikarishinseiki的其Jukkoku型sd1基因座的DNA诊断，该基因座编码有缺陷的赤霉素20-氧化酶，外显子1中有1 bp替换（Jukkoku型GA20ox-2突变等位基因：Jukkoku-GA20ox-2） 。带有引物SD1F3和SD1JR的等位基因特异性引物（ASP）-聚合酶链反应（PCR）得到了对Jukkoku-GA20ox-2特异的PCR产物。另外，用引物SD1F3和SD1NRM（在SD1NR的3'末端的第三个核苷酸处含有错配）进行的ASP-PCR产生了对非Jukkoku-GA20ox-2特异的PCR产物。使用SD1F3，VIC染料标记的SD1JR和FAM染料标记的SD1NRM的多重ASP-PCR能够同时共检定188个品种的Jukkoku-GA20ox-2和非Jukkoku-GA20ox-2。此外，Hikarishinseiki可以通过11个携带Jukkoku-GA20ox-2的品种的RM253多态性进行鉴定。综上所述，我们的结果建立了区分Hikarishinseiki的方法。

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