...
  • 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>Genomics >Btrim: a fast, lightweight adapter and quality trimming program for next-generation sequencing technologies.
【24h】

Btrim: a fast, lightweight adapter and quality trimming program for next-generation sequencing technologies.

机译：Btrim：一种快速，轻便的适配器和用于下一代测序技术的高质量修整程序。

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

Btrim is a fast and lightweight software to trim adapters and low quality regions in reads from ultra high-throughput next-generation sequencing machines. It also can reliably identify barcodes and assign the reads to the original samples. Based on a modified Myers's bit-vector dynamic programming algorithm, Btrim can handle indels in adapters and barcodes. It removes low quality regions and trims off adapters at both or either end of the reads. A typical trimming of 30M reads with two sets of adapter pairs can be done in about a minute with a small memory footprint. Btrim is a versatile stand-alone tool that can be used as the first step in virtually all next-generation sequence analysis pipelines. The program is available at http://graphics.med.yale.edu/trim/.
机译：Btrim是一款快速轻巧的软件，可在超高通量下一代测序仪的读取中修整适配器和低质量区域。它还可以可靠地识别条形码，并将读数分配给原始样品。基于改进的Myers位矢量动态编程算法，Btrim可以处理适配器和条形码中的插入缺失。它会删除低质量的区域，并在读取的两端或两端修剪适配器。使用两组适配器对进行的典型30M读取修整可以在大约一分钟内完成，并且占用的内存很小。 Btrim是一种多功能的独立工具，可以用作几乎所有下一代序列分析管道中的第一步。该程序可从http://graphics.med.yale.edu/trim/获得。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号