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Odorant and vomeronasal receptor genes in two mouse genome assemblies.

机译：两个小鼠基因组组件中的气味和犁鼻受体基因。

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Odorant receptors (ORs) and vomeronasal receptors (V1Rs and V2Rs) are large superfamilies of chemosensory receptors. As an extension of previous research using the 2001 Celera mouse genome assembly, we analyzed OR and V1R genes in the 2002 public mouse genome assembly. We identified 1403 OR genes (1068 potentially intact) and 332 V1R genes (164 potentially intact) in this C57BL/6J mouse genome. This expands the mouse OR and V1R superfamilies by adding approximately 100 OR and approximately 40 V1R potentially intact genes. The description of the genomic distribution of OR genes is more complete and accurate, and two major errors in OR gene distribution in the 2001 Celera assembly were corrected. For the first time, the complete genomic distribution of V1R genes was investigated in detail and placed in context with that of OR genes. V1R genes, like OR genes, tend to form clusters of similar genes in the genome. Comparison between the two genome assemblies revealed a high rate of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in both OR and V1R genes. The high ratio of nonsynonymous SNPs over synonymous SNPs in V1R genes suggests positive selection for these genes, possibly favoring species-specific and strain-specific pheromone detection. In addition, detailed analysis of the SNP rate aided in the identification of key residues in ORs.
机译：气味受体（ORs）和犁鼻受体（V1Rs和V2Rs）是化学感应受体的大型超家族。作为先前使用2001 Celera小鼠基因组装配进行的研究的扩展，我们在2002公共鼠标基因组装配中分析了OR和V1R基因。我们在此C57BL / 6J小鼠基因组中鉴定了1403个OR基因（可能完整的1068个）和332个V1R基因（可能完整的164个）。通过添加大约100个OR和大约40个可能完整的V1R基因，可以扩展小鼠OR和V1R超家族。 OR基因的基因组分布的描述更加完整和准确，并且纠正了2001 Celera大会中OR基因分布的两个主要错误。首次对V1R基因的完整基因组分布进行了详细研究，并将其与OR基因进行了关联。 V1R基因像OR基因一样，倾向于在基因组中形成相似基因的簇。两种基因组装配之间的比较显示，OR和V1R基因中单核苷酸多态性（SNP）的发生率很高。 V1R基因中非同义SNP与同义SNP的比率很高，表明对这些基因的阳性选择，可能有利于物种特异性和菌株特异性信息素的检测。此外，对SNP率的详细分析有助于鉴定OR中的关键残基。

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