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Quantitative determination of gene strand bias in prokaryotic genomes.

机译：定量测定原核基因组中的基因链偏向。

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Comparative genometrics of microorganisms is a relatively new area, in which genome properties are translated into numerical indexes. Such indexes can be used for a comprehensive and comparative analysis of microbial genomes, contributing to the understanding of their evolution. This work presents a new method for quantitative determination of gene strand bias in prokaryotic chromosomes, in which data transformation of gene position skew leads to a numerical index that can be applied to quantitative comparisons of genome organization. It was applied in the comparative analysis of 49 completely sequenced Firmicutes genomes, allowing the distinction of groups defined according to their patterns of gene strand preference. The resulting groups revealed that, regarding gene strand bias, reduced genomes are, in general, the more disordered among Firmicutes, while genomes of extremophile organisms comprehend those with the highest degree of genome organization in this phylum.
机译：微生物的比较基因组学是一个相对较新的领域，在该领域中，基因组特性被转化为数值指标。这些指标可用于微生物基因组的全面和比较分析，有助于了解其进化。这项工作提出了一种定量测定原核染色体中基因链偏倚的新方法，其中基因位置偏斜的数据转换导致一个数值索引，可以将其应用于基因组组织的定量比较。它被用于49个完全测序的Firmicutes基因组的比较分析中，从而可以根据其基因链偏好模式对所定义的组进行区分。结果小组发现，就基因链的偏向而言，减少的基因组通常在Firmicutes中更为混乱，而极端微生物的基因组则包含该门脉中基因组组织程度最高的基因组。

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