ChromClust: A semi-supervised chromatin clustering toolkit for mining histone modifications interplay

Noureen Nighat; Touseef Muhammad; Fazal Sahar; Qadir Muhammad Abdul

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ChromClust: A semi-supervised chromatin clustering toolkit for mining histone modifications interplay

机译：ChromClust：半监督染色质聚类工具包，用于挖掘组蛋白修饰相互作用

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Mining patterns of histone modifications interplay from epigenomic profiles are one of the leading research areas these days. Various methods based on clustering approaches and hidden Markov models have been presented so far with some limitations. Here we present ChromClust, a semi-supervised clustering tool for mining commonly occurring histone modifications at various locations of the genome. Applying our method to 11 chromatin marks in nine human cell types recovered 11 clusters based on distinct chromatin signatures mapping to various elements of the genome.

机译：从表观基因组分布中相互作用的组蛋白修饰的挖掘模式是当今最主要的研究领域之一。到目前为止，已经提出了基于聚类方法和隐马尔可夫模型的各种方法，但存在一些局限性。在这里，我们介绍ChromClust，这是一种半监督的聚类工具，用于挖掘基因组各个位置上常见的组蛋白修饰。将我们的方法应用于9种人类细胞类型中的11个染色质标记，基于映射到基因组各个元素的独特染色质特征，回收了11个簇。

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来源
《Genomics》 |2015年第6期|共5页
作者
Noureen Nighat; Touseef Muhammad; Fazal Sahar; Qadir Muhammad Abdul;
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作者单位

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收录信息
原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类医学遗传学;
关键词
Epigenetics; Histone code hypothesis; Combinations; Clustering; Semi-supervised;

机译：表观遗传学;组蛋白密码假设;组合;聚类;半监督;

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1. ChromClust: A semi-supervised chromatin clustering toolkit for mining histone modifications interplay [J] . Noureen Nighat, Touseef Muhammad, Fazal Sahar, Genomics . 2015,第6期

机译：ChromClust：半监督染色质聚类工具包，用于挖掘组蛋白修饰相互作用
2. Human linker histones: interplay between phosphorylation and O-β-GlcNAc to mediate chromatin structural modifications [J] . Waqar Ahmad, Khadija Shabbiri, Noreen Nazar, Cell Division . 2011,第1期

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6. Human linker histones: interplay between phosphorylation and O-β-GlcNAc to mediate chromatin structural modifications [O] . Waqar Ahmad, Khadija Shabbiri, Noreen Nazar, 2011

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ChromClust: A semi-supervised chromatin clustering toolkit for mining histone modifications interplay

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