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PanCoreGen - Profiling, detecting, annotating protein-coding genes in microbial genomes

机译：PanCoreGen-分析，检测，注释微生物基因组中的蛋白质编码基因

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A large amount of genomic data, especially from multiple isolates of a single species, has opened new vistas for microbial genomics analysis. Analyzing the pan-genome (i.e. the sum of genetic repertoire) of microbial species is crucial in understanding the dynamics of molecular evolution, where virulence evolution is of major interest. Here we present PanCoreGen - a standalone application for pan-and core-genomic profiling of microbial protein-coding genes. PanCoreGen overcomes key limitations of the existing pan-genomic analysis tools, and develops an integrated annotation-structure for a species-specific pan-genomic profile. It provides important new features for annotating draft genomes/contigs and detecting unidentified genes in annotated genomes. It also generates user-defined group-specific datasets within the pan-genome. Interestingly, analyzing an example-set of Salmonella genomes, we detect potential footprints of adaptive convergence of horizontally transferred genes in two human-restricted pathogenic serovars - Typhi and Paratyphi A. Overall, PanCoreGen represents a state-of-the-art tool for microbial phylogenomics and pathogenomics study. (C) 2015 Elsevier Inc. All rights reserved.
机译：大量的基因组数据，特别是来自单个物种的多个分离物的基因组数据，为微生物基因组学分析开辟了新的前景。分析微生物物种的泛基因组（即，遗传库的总和）对于理解分子进化的动力学至关重要，在分子进化中，毒力的进化尤为重要。在这里，我们介绍PanCoreGen-用于微生物蛋白质编码基因的泛和核心基因组分析的独立应用程序。 PanCoreGen克服了现有泛基因组分析工具的关键限制，并针对特定物种的泛基因组图谱开发了集成的注释结构。它为注释草图基因组/重叠群和检测注释的基因组中的未鉴定基因提供了重要的新功能。它还会在泛基因组内生成用户定义的特定于组的数据集。有趣的是，通过分析沙门氏菌基因组的一个实例集，我们检测了两个人类限制性致病血清型（Typhi和Paratyphi A）中水平转移基因的适应性收敛的潜在足迹。总体而言，PanCoreGen代表了一种最新的微生物工具系统基因组学和病原学研究。 （C）2015 Elsevier Inc.保留所有权利。

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