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Modeling the carbohydrate-binding specificity of pig edema toxin

机译：建模猪水肿毒素的碳水化合物结合特异性

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The wild-type binding pentamer of Shiga-like toxin IIe (SLT-IIe) binds both the globotriaosylceramide (Gb(3)) and globotetraosylceramide (Gb(4)) cell surface glycolipids, whereas the double mutant GT3 (Q65E/K67Q) exhibits a marked preference for Gb(3) [Tyrrell, G. J., et al. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 524-528]. We modeled three unique sites (sites 1-3) for binding of the carbohydrate moiety of Gbs to GT3 and SLT-IIe, on the basis of the three sites observed for the SLT-I pentamer [Ling, H., et al. (1998) Biochemistry 37, 1777-1788]. Examination of the three sites in light of various mutation and binding data strongly suggested that one of the binding sites plays a role in the change of specificity observed for the GT3 mutant. We applied several modeling techniques, and developed a model for binding of the carbohydrate moiety of Gb(4) to this site of the SLT-IIe binding pentamer. This model is consistent with a wide variety of mutation and binding data and clearly shows the importance of the terminal GalNac residue of Gb(4), as well as that of the two mutated residues of GT3, to the intermolecular interaction. [References: 33]
机译：志贺样毒素IIe（SLT-IIe）的野生型结合五聚体同时结合了globotriaosylceramide（Gb（3））和globotetraosylceramide（Gb（4））细胞表面糖脂，而双突变体GT3（Q65E / K67Q）则表现出对Gb（3）有明显的偏爱[Tyrrell，GJ，et al。 （1992）美国国家科学院院刊。 Natl。学院科学U.S.A. 89，524-528]。基于对SLT-1五聚体观察到的三个位点，我们模拟了三个独特位点（位点1-3），用于结合Gbs的碳水化合物部分与GT3和SLT-IIe [Ling，H。，等人。 （1998）Biochemistry 37，1777-1788]。根据各种突变和结合数据对这三个位点的检查强烈表明，结合位点之一在观察到的GT3突变体的特异性变化中起作用。我们应用了几种建模技术，并开发了一个模型，用于将Gb（4）的碳水化合物部分与SLT-IIe结合五聚体的该位点结合。该模型与各种各样的突变和结合数据一致，并且清楚地显示了Gb（4）末端GalNac残基以及GT3的两个突变残基对分子间相互作用的重要性。 [参考：33]

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