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Modeling HIV-1 viral capsid nucleation by dynamical systems

机译：通过动力学系统模拟HIV-1病毒衣壳的成核

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There are two stages generally recognized in the viral capsid assembly: nucleation and elongation. This paper focuses on the nucleation stage and develops mathematical models for HIV-1 viral capsid nucleation based on six-species dynamical systems. The Particle Swarm Optimization (PSO) algorithm is used for parameter fitting to estimate the association and dissociation rates from biological experiment data. Numerical simulations of capsid protein (CA) multimer concentrations demonstrate a good agreement with experimental data. Sensitivity and elasticity analysis of CA multimer concentrations with respect to the association and dissociation rates further reveals the importance of CA trimer-of- dirners in the nucleation stage of viral capsid self-assembly. (C) 2015 Elsevier Inc. All rights reserved.
机译：病毒衣壳装配通常公认有两个阶段：成核和延伸。本文着眼于成核阶段，并基于六种动力学系统开发了HIV-1病毒衣壳成核的数学模型。粒子群优化（PSO）算法用于参数拟合，以从生物学实验数据中估计缔合和解离速率。衣壳蛋白（CA）多聚体浓度的数值模拟证明与实验数据吻合良好。 CA多聚体浓度相对于缔合和解离速率的敏感性和弹性分析进一步揭示了CA三聚体在病毒衣壳自组装成核阶段的重要性。 （C）2015 Elsevier Inc.保留所有权利。

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