A novel DNAseq program for enhanced analysis of Illumina GAII data: a case study on antibody complementaritydetermining regions

Klaus S. Lassen; Henrik Schultz; Niels H.H. Heegaard; Mingyue He

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A novel DNAseq program for enhanced analysis of Illumina GAII data: a case study on antibody complementaritydetermining regions

机译：用于增强Illumina GAII数据分析的新型DNAseq程序：以抗体互补性决定区域为例

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High-throughput DNA sequencing technologies are increasingly becoming powerful systems for the comprehensive analysis of variations in whole genomes or various DNA libraries. As they are capable of producing massive collections of short sequences with varying lengths, a major challenge is how to turn these reads into biologically meaningful information. The first stage is to assemble the short reads into longer sequences through an in silico process. However, currently available software/programs allow only the assembly of abundant sequences, which apparently results in the loss of highly variable (or rare) sequences or creates artefact assemblies. In this paper, we describe a novel program (DNAseq) that is capable of assembling highly variable sequences and displaying them directly for phylogenetic analysis. In addition, this program is Microsoft Windows-based and runs by a normal PC with 700 MB RAM for a general use. We have applied it to analyse a human naive single-chain antibody (scFv) library, comprehensively revealing the diversity of antibody variable complementarity-determining regions (CDRs) and their families. Although only a scFv library was exemplified here, we envisage that this program could be applicable to other genome libraries.

机译：高通量DNA测序技术正日益成为功能强大的系统，可以对整个基因组或各种DNA库中的变异进行综合分析。由于它们能够产生大量长度不等的短序列，因此主要挑战在于如何将这些读数转化为具有生物学意义的信息。第一步是通过计算机程序将短读段组装成更长的序列。然而，当前可用的软件/程序仅允许组装丰富的序列，这显然导致高度可变（或稀有）的序列的丢失或产生人工制品的组装。在本文中，我们描述了一种新颖的程序（DNAseq），该程序能够组装高度可变的序列并直接将其显示出来，以进行系统发育分析。此外，该程序是基于Microsoft Windows的，并由具有700 MB RAM的常规PC运行以供一般使用。我们将其用于分析人类天然单链抗体（scFv）库，全面揭示了抗体可变互补决定区（CDR）及其家族的多样性。尽管此处仅以scFv库为例，但我们设想此程序可适用于其他基因组库。

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来源
《New biotechnology》 |2012年第3期|共8页
作者
Klaus S. Lassen; Henrik Schultz; Niels H.H. Heegaard; Mingyue He;
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原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类普通生物学;
关键词
sequences through; apparently results; program;

机译：顺序排列;显然结果;程序;

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