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Convergence properties of X-ray scattering calculated from protein crystal molecular dynamics simulations

机译：通过蛋白质晶体分子动力学模拟计算的X射线散射的会聚特性

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A fundamental question when comparing molecular dynamics computer simulations of proteins with scattering experiments is how the convergence of the scattered intensity depends on simulation length. Here results are presented of a molecular dynamics simulation of crystalline Staphylococcal nuclease that is analyzed in terms of the displacement correlation matrix and the X-ray diffuse scattering pattern. The convergence of these quantities is compared to the spatial separation of the atoms involved. On the nanosecond timescale the correlation matrix converges for atom pairs with a separation; less than or similar to15 Angstrom. (C) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.
机译：将蛋白质的分子动力学计算机模拟与散射实验进行比较时，一个基本问题是散射强度的收敛如何取决于模拟长度。在这里，我们给出了结晶葡萄球菌核酸酶分子动力学模拟结果，并根据位移相关矩阵和X射线扩散散射图进行了分析。将这些量的收敛与所涉及原子的空间间隔进行比较。在纳秒级的时间尺度上，相关矩阵对原子对进行了间隔收敛。小于或类似于15埃。 （C）2004 Elsevier B.V.保留所有权利。

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