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Transposable Elements in the Organization and Diversification of the Genome of Aegilops speltoides Tausch (Poaceae, Triticeae)

机译：Aegilops Spottoides Tausch（Poaceae，Triticeae）组织中的可转换元素和多样化

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摘要

Repetitive DNA—specifically, transposable elements (TEs)—is a prevailing genomic fraction in cereals that underlies extensive genome reshuffling and intraspecific diversification in the wild. Although large amounts of data have been accumulated, the effect of TEs on the genome architecture and functioning is not fully understood. Here, plant genome organization was addressed by means of cloning and sequencing TE fragments of different types, which compose the largest portion of the Aegilops speltoides genome. Individual genotypes were analyzed cytogenetically using the cloned TE fragments as the DNA probes for fluorescence in situ hybridization (FISH). The obtained TE sequences of the Ty1-copia, Ty3-gypsy, LINE, and CACTA superfamilies showed the relatedness of the Ae. speltoides genome to the Triticeae tribe and similarities to evolutionarily distant species. A significant number of clones consisted of intercalated fragments of TEs of various types, in which Fatima (Ty3-gypsy) sequences predominated. At the chromosomal level, different TE clones demonstrated sequence-specific patterning, emphasizing the effect of the TE fraction on the Ae. speltoides genome architecture and intraspecific diversification. Altogether, the obtained data highlight the current species-specific organization and patterning of the mobile element fraction and point to ancient evolutionary events in the genome of Ae. speltoides.
机译：重复的DNA-特别地，转移元件（TES） - 谷物中的一种主要的基因组级分，在野外的广泛的基因组重新装入和拆卸多样化下进行了广泛的基因组。虽然已经累积了大量数据，但TES对基因组结构和功能的影响尚未完全理解。这里，通过克隆和测序不同类型的碎片来解决植物基因组组织，其构成Aegilops Spostoides基因组的最大部分。使用克隆的TE片段分析各种基因型，用克隆的TE片段作为原位杂交（鱼）的荧光的DNA探针。所获得的Ty1-Copia，Ty3-Gypsy，线和仙人掌超级小心的TE序列显示出AE的相关性。 Spottoides基因组到Triticeae部落和相似性的进化远处物种。大量克隆由各种类型的TES的插入片段组成，其中法蒂姆（TY3-GYPSY）序列占主导地位。在染色体水平，不同的TE克隆显示出序列特异性图案化，强调TE部分对AE的影响。 Spottoides基因组建筑和内部多样化。完全，所获得的数据突出了当前物种特定组织和移动元素分数的图案，并指向AE基因组中的古代进化事件。 spottoides。

著录项

  • 作者

    Olga Raskina;

  • 作者单位
  • 年度 2018
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  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
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