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Genetic structure of landraces in foxtail millet (Setaria italica (L.) P. Beauv.) revealed with transposon display and interpretation to crop evolution of foxtail millet

机译：通过转座子显示和解释谷子谷子的农作物进化揭示了谷子（Setaria italica（L.）P.Beauv。）的地方品种的遗传结构

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Although the origin and domestication process of foxtail millet (Setaria italica subsp. italica (L.) P. Beauv.) has been studied by several groups, the issue is still ambiguous. It is essential to resolve this issue by studying a large number of accessions with sufficient markers covering the entire genome. Genetic structures were analyzed by transposon display (TD) using 425 accessions of foxtail millet and 12 of the wild ancestor green foxtail (Setaria italica subsp. viridis (L.) P. Beauv.). We used three recently active transposons (TSI-1, TSI-7, and TSI-10) as genome-wide markers and succeeded in demonstrating geographical structures of the foxtail millet. A neighbor-joining dendrogram based on TD grouped the foxtail millet accessions into eight major clusters, each of which consisted of accessions collected from adjacent geographical areas. Eleven out of 12 green foxtail accessions were grouped separately from the clusters of foxtail millet. These results indicated strong regional differentiations and a long history of cultivation in each region. Furthermore, we discuss the relationship between foxtail millet and green foxtail and suggest a monophyletic origin of foxtail millet domestication.
机译：尽管已经有多个研究小组研究了谷子的起源和驯化过程，但该问题仍然是一个模棱两可的问题。谷子（Setaria italica subsp.italica（L.）P. Beauv。）解决这一问题至关重要，方法是研究大量带有足够标记覆盖整个基因组的种质。通过转座子展示（TD），使用425种谷子小米和12种野生祖先绿色谷子（Setaria italica subsp。viridis（L.）P. Beauv。）分析遗传结构。我们使用了三个最近活跃的转座子（TSI-1，TSI-7和TSI-10）作为全基因组标记，并成功证明了谷子的地理结构。基于TD的邻居连接树状图将狐尾小米种质分为8个主要簇，每个簇由从相邻地理区域收集的种质组成。 12种绿色谷子中的11种与谷子小米簇分开分组。这些结果表明每个地区都有很强的区域差异和悠久的栽培历史。此外，我们讨论了谷子和绿色谷子之间的关系，并提出了谷子驯化的单系起源。

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