本发明涉及一种与长江水系邗江、瑞昌草鱼生长相关的SNP标记，所述SNP标记位于fst1基因的外显子中，在SEQ ID NO:1所示序列第5位，该位置处碱基是C或A，其中，长江水系其他草鱼第5位碱基为A，邗江、瑞昌草鱼第5位碱基为C，碱基由A错义突变为C，改变了氨基酸序列的构成，由赖氨酸(Lys)转变为了色氨酸(Thr)。实验发现，邗江、瑞昌草鱼体生长速度及质量显著高于长江水系其他草鱼，进而通过检测草鱼的上述SNP标记，能够在相同养殖条件下有效挑选体生长速度较快的邗江、瑞昌草鱼，进一步的，本发明的SNP标记能够用于草鱼的分子标记辅助育种，对草鱼苗种生产有积极意义，并可以大大节约育种时间，成本低廉，准确性高，加快草鱼育种。
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