一种快速鉴定镜鲤的方法

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种快速鉴定镜鲤的方法。

背景技术

镜鲤隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、鲤型目(Cypriniformes)，鲤科 (Cyprinidae)。镜鲤具有生长速度快、含肉率高、肉质好的优点，已被全国水产 良种审定委员会审定为适合在我国推广的水产优良养殖品种。在合理的放养密度 和较优的饲养条件下，镜鲤生长速度非常快，在黑龙江地区(生产期120天)当年 可育成规格达150克的鱼种，2龄商品鱼规格可达1公斤以上。饲养成活率达98％ 左右，越冬成熟率达96％。在镜鲤的养殖密度与其它鲤鱼的养殖密度相同的条件 下，德国镜鲤的生长速度超过其它鲤鱼的生长速度。

因此，对于镜鲤的种质资源的保护及鉴定就尤为重要。以前对镜鲤的鉴定主 要是通过形态学方面，然而，形态学鉴定并不能鉴定出镜鲤基因组是否被其他种 鲤鱼污染。提供一种能够快速鉴定镜鲤的方法势在必行。

发明内容

本发明的一个目的是提供一种镜鲤体内缺失的序列，本发明的另一个目的是 提供一种依据上述缺失序列快速鉴定镜鲤的方法。

为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种快速鉴定镜鲤的方法，包括如下步骤：

本发明提供了镜鲤基因组的一段序列如SEQNO：1所示。

本发明还提供了一种用于扩增上述序列的引物。

上述引物的序列如SEQNO：2和SEQNO：3所示。

将上述引物用于快速鉴定镜鲤，包括如下步骤：

1)提取组织DNA；

2)PCR扩增；

3)电泳检测。

上述方法包括的步骤，可优化为：

1)从待测的镜鲤组织中提取DNA；

2)以提取的DNA为模板，以SEQNO：2和SEQNO：3所示的引物进行 PCR扩增；

3)琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增结果。

其中，上述步骤1)中所述鲤鱼组织为鳍条或肌肉。

其中，上述步骤1)中所述DNA提取方法是使用NEB的DNA提取试剂盒。

其中，上述步骤2)中PCR扩增的反应体系为15μl反应体系，由下列成分 组成：TaqDNA聚合酶0.1μl；10Xbuffer1.5μl；DNTPmixture1.5μl；DNA2μl； 上游引物0.5μl；下游引物0.5μl；无菌水8.9μL。

步骤2)中PCR扩增的条件为：94℃4min变性，

本发明还提供一种包含上述引物的试剂盒。

本发明提供的方法是依据镜鲤基因组的一段序列缺失，而其他品种的鲤鱼内 存在此段序列，因此设计了一种特异性强的引物对各鲤鱼内的基因组进行扩增。 该方法运用了较少的试剂以及方便快捷容易操作的实验过程，可以在较短时间 内、不处死鱼种的基础上，只需剪去少量鳍条或肌肉，就能快速准确的鉴别镜鲤。 该方法更加有利于实际生产部门，科研部门快速鉴定所取样本，增加了鉴定结果 的准确性和可信度，极大提高了工作效率。

此外，本发明在PCR扩增时使用的引物设计特异性很强，即使总DNA降解 很厉害，也对后续的鉴别试验没有影响，大大增加了本实验方法的可行性。

说明书附图

图1为琼脂糖凝胶检测PCR扩增结果的电泳条带图。

具体实施方式

以下实施例用于进一步说明本发明，但不应理解为对本发明的限制。在不背 离本发明精神和实质的前提下，对本发明所作的修饰或者替换，均属于本发明的 范畴。

实施例1

通过二代测序技术测得镜鲤以及其他鲤鱼品种的基因序列，通过分析上述基 因组测序数据，比对鲤鱼各品系的序列差异，发现该缺失序列，如SEQNO：1 所示；引物设计直接在缺失序列的上下游200bp内设计，设计的引物序列如SEQ NO：2和SEQNO：3所示。

本发明提供的上述引物，在PCR反应时效率高，且对于缺失的序列扩增的 特异性强。

实施例2

1)取镜鲤、荷包红鲤、彩鲤、黄河鲤和兴国红鲤的活鱼鱼鳍，每种鱼设4 组重复，使用NEB的DNA提取试剂盒提取上述活鱼鱼鳍的DNA，具体操作步 骤参见试剂盒的说明书。

2)分别以上述镜鲤、荷包红鲤、彩鲤、黄河鲤和兴国红鲤的DNA为模板， 以下述引物(SEQNO：2和SEQNO：3所示)对其进行PCR的扩增，

上游引物5′-TGCACGTTACTTTATAAACACTCC-3′

下游引物5′-AAAAAGCAGCATGCCTTACAA-3′

该引物是发明人自行设计，由Invitrogen公司合成，PCR反应体系为15μl 的反应体系，包括：10Xbuffer1.5μl；DNTPmixture1.5μl(2.5μm/μl)；DNA2μl； 上游引物(浓度10pm)0.5μl；下游引物(浓度10pm)0.5μl；无菌水8.9μL。

PCR扩增条件为：

3)用1-2％的琼脂糖凝胶检测PCR扩增结果，实验结果见图1，通过观察 图1中的电泳条带可以看出，镜鲤的基因组由于缺失该段序列，该序列如SEQ IDNO：1所示，PCR扩增后出现的是218bp的条带，序列如SEQIDNO：4所 示，而其他四种鲤鱼的PCR扩增的条带出现的位置在526bp，序列如SEQIDNO： 5所示。通过上述方法进可以将镜鲤快速的从其他品种的鱼中鉴定出来。

此外，每组鲤鱼的条带均清晰且没有拖带，可见本发明使用的引物的特异性 非常好，适用于镜鲤的鉴定。且每种鲤鱼组内的条带基本一致，说明该实验方法 非常稳定。

序列表

<110>中国水产科学研究院

<120>一种快速鉴定镜鲤的方法

<130>5

<160>5

<170>PatentInversion3.3

<210>1

<211>308

<212>DNA

<213>人工序列

<400>1

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<210>2

<211>24

<212>DNA

<213>人工序列

<400>2

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<210>3

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<400>3

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<210>4

<211>218

<212>DNA

<213>人工序列

<400>4

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<211>526

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