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高通量测序数据统计方法和统计装置

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本发明公开了一种高通量测序数据统计方法和装置，所述方法包括：根据高通量测序数据为并行计算做准备；对准备好的高通量测序数据进行并行计算；将并行计算结果汇总得出统计数据。确定碱基质量值转换方式；切分数据；生成执行实体。将文件转换为RDD；将RDD切分为partition。生成执行实体task。计算每个数据块中与序列行相关的统计信息以及碱基质量值。统计每一列的碱基质量值分布。本发明的技术方案极大地提高了对高通量测序数据进行统计的速度。

著录项

公开/公告号CN106709028A

专利类型发明专利
公开/公告日2017-05-24

原文格式PDF
申请/专利权人上海华点云生物科技有限公司;
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申请/专利号CN201611236130.0
发明设计人陈晨;王震;于伟文;
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申请日2016-12-28
分类号G06F17/30(20060101);G06F19/16(20110101);
代理机构11012 北京邦信阳专利商标代理有限公司;
代理人金玺
地址 200335 上海市长宁区广顺路33号8幢490室
入库时间 2023-06-19 02:16:22

法律信息

法律状态公告日

法律状态信息

法律状态
2017-06-16

实质审查的生效 IPC(主分类):G06F17/30 申请日:20161228

实质审查的生效
2017-05-24

公开

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