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一种利用全基因组数据挖掘甲基化模式的方法

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本发明属于生物信息学的数据处理技术领域，公开了一种利用全基因组数据挖掘甲基化模式的方法，包括：在多种数据样本集上使用基因芯片显著性分析SAM方法，分别筛选出全基因组上的差异甲基化位点；将多个样本集的甲基化差异位点取交集，得到共同差异位点集合；计算差异甲基化位点的甲基化水平与相应基因表达水平间的皮尔森相关系数，识别甲基化调控位点；对差异位点集合迭代进行AP聚类，得到甲基化簇，分别对每个甲基化簇进行模式分析，并通过基因注释和KEGG富集分析进行论证。本发明为针对去甲基化的药物研制提供参考和借鉴；不同类型的疾病在甲基化模式上的确存在共性，从全基因组角度研究甲基化模式与疾病的关系具有现实和临床意义。

著录项

公开/公告号CN107301330A

专利类型发明专利
公开/公告日2017-10-27

原文格式PDF
申请/专利权人西安电子科技大学;
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申请/专利号CN201710409105.6
发明设计人杨利英;杨胜楠;
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申请日2017-06-02
分类号G06F19/24(20110101);G06F19/20(20110101);
代理机构61227 西安长和专利代理有限公司;
代理人黄伟洪
地址 710071 陕西省西安市太白南路2号西安电子科技大学
入库时间 2023-06-19 03:38:37

法律信息

法律状态公告日

法律状态信息

法律状态
2017-11-24

实质审查的生效 IPC(主分类):G06F19/24 申请日:20170602

实质审查的生效
2017-10-27

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中文文献
外文文献

1. 一种利用全基因组数据挖掘甲基化模式的方法 [P] . 中国专利： CN107301330A . 2017-10-27
2. 一种利用微量基因组DNA进行全基因组甲基化位点精确检测的方法 [P] . 中国专利： CN102409408A . 2012-04-11
3. Methods and kits for genome-wide methylation of GpC sites and genome-wide determination of chromatin structure [P] . 美国专利： US9797002B2 . 2017-10-24

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4. Methods and Kits for Genome-Wide Methylation of GpC Sites and Genome-Wide Determination of Chromatin Structure [P] . 美国专利： US2012028817A1 . 2012-02-02

机译： GpC位点的全基因组甲基化和染色质结构的全基因组测定方法和试剂盒
5. Analysis of methylation patterns in a genomic DNA comprises amplification of a target DNA by a method that retains the methylation pattern of the template, followed by analysis of the amplification product by mass spectrometry [P] . 德国专利： DE10253068A1 . 2004-05-27

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