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一种用于内源性逆转录病毒的鉴定注释方法

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摘要

本发明提供一种用于内源性逆转录病毒的鉴定注释方法，包括：选取病毒蛋白作为探针，识别与探针相似的命中片段，输出命中区域，向命中区域的两侧各延伸侧翼序列，得到内源性逆转录病毒候选序列；使用LTR harvest对内源性逆转录病毒候选序列鉴定成对的LTR序列，进而提取出潜在完整内源性逆转录病毒序列和不含有成对LTR序列的内源性逆转录病毒获选序列；基于逆转录病毒的典型蛋白结构域序列使用隐式马尔科夫模型鉴定病毒蛋白结构域，去除假阳性结果；对内源性逆转录病毒进行注释和蛋白结构域序列提取。本发明的方法可以实现快速、高效地对宿主基因组进行内源性逆转录病毒及元件的挖掘、鉴定和注释，极大减少假阳性率。

著录项

  • 公开/公告号CN114242174A

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2022-03-25

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 湖南大学;

    申请/专利号CN202210019782.8

  • 发明设计人 葛行义;周秩建;叶生宝;邱烨;

    申请日2022-01-10

  • 分类号G16B50/10(20190101);G16B30/00(20190101);

  • 代理机构43235 长沙轩荣专利代理有限公司;

  • 代理人黄艺平

  • 地址 410000 湖南省长沙市岳麓区麓山南路麓山门

  • 入库时间 2023-06-19 14:39:06

法律信息

  • 法律状态公告日

    法律状态信息

    法律状态

  • 2022-03-25

    公开

    发明专利申请公布

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