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多物种未出现k-mer子序列计算和特征分析方法及系统

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摘要

本发明提供了一种多物种未出现k‑mer子序列计算和特征分析方法及系统，该方法包括：获取原始的物种全基因组数据，并对物种全基因组数据进行数据预处理，获得全基因组序列预处理数据；基于所述物种全基因组序列预处理数据进行不同k值长度下的未出现k‑mer子序列的计算；对不同的多个物种的全基因组数据，进行多物种之间，相同k值长度下共同未出现k‑mer子序列的计算；基于未出现k‑mer子序列的数据结果，进行长度变量分析、GC含量和AG含量的比例统计分析和差异显著性分析、进行Motif发现。该方法能够有效处理多物种全基因组数据，准确计算出未出现k‑mer子序列，并且做有效分析，且有大大提高计算效率。

著录项

  • 公开/公告号CN108470113B

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2019-05-17

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 四川大学;

    申请/专利号CN201810207512.3

  • 发明设计人 章乐;肖铭;

    申请日2018-03-14

  • 分类号G16B30/10(20190101);

  • 代理机构11237 北京市广友专利事务所有限责任公司;

  • 代理人张仲波

  • 地址 610044 四川省成都市一环路南一段24号

  • 入库时间 2022-08-23 10:32:33

法律信息

  • 法律状态公告日

    法律状态信息

    法律状态

  • 2019-05-17

    授权

    授权

  • 2018-09-25

    实质审查的生效 IPC(主分类):G06F 19/22 申请日:20180314

    实质审查的生效

  • 2018-09-25

    实质审查的生效 IPC(主分类):G06F 19/22 申请日:20180314

    实质审查的生效

  • 2018-08-31

    公开

    公开

  • 2018-08-31

    公开

    公开

  • 2018-08-31

    公开

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