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一种低密度SNP基因组区域准确预测BSA-seq候选基因的方法

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本发明涉及基因组测序技术领域，特别涉及一种低密度SNP基因组区域准确预测BSA‑seq候选基因的方法，本发明针对BSA‑seq在候选区间附近有低密度SNP区域，通过比价两亲本间的SNP，对SNP列表进行严格过滤，找出低密度区域，然后利用置信区间为95％时对应的候选区间加上低密度候选区间，利用基因组注释网站对候选区域内的基因进行注释；对候选区域变异位点功能注释，得到存在移码变异等功能性变异的基因，并确定该基因为候选基因；使用本发明的方法能弥补由于基因组差异小的区域而造成的候选区域的假阳性，获得真正的候选区间。

著录项

公开/公告号CN109360606B

专利类型发明专利
公开/公告日2019-09-06

原文格式PDF
申请/专利权人广西壮族自治区农业科学院水稻研究所;
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申请/专利号CN201811373098.X
发明设计人杨行海;夏秀忠;曾宇;张宗琼;农保选;吴艳艳;熊发前;李丹婷;邓国富;荘洁;
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申请日2018-11-19
分类号
代理机构北京天奇智新知识产权代理有限公司;
代理人牙斐颖
地址 530007 广西壮族自治区南宁市西乡塘区大学东路174号
入库时间 2022-08-23 10:39:44

法律信息

法律状态公告日

法律状态信息

法律状态
2019-09-06

授权

授权
2019-03-15

实质审查的生效 IPC(主分类):G16B 25/00 申请日:20181119

实质审查的生效
2019-03-15

实质审查的生效 IPC(主分类):G16B 25/00 申请日:20181119

实质审查的生效
2019-02-19

公开

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2019-02-19

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2019-02-19

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1. 一种低密度SNP基因组区域准确预测BSA-seq候选基因的方法 [P] . 中国专利： CN109360606B . 2019.09.06
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机译：来自11号染色体p15区域的分离的基因组多核苷酸片段的分离的基因组多核苷酸片段，编码人类抑癌性亚转移候选基因4（TSSC4）
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机译：来自11号染色体p15区域的分离基因组多核苷酸片段，编码人类抑制肿瘤的亚转移候选基因6（TSSC6）