本发明提供了耐热萝卜EST‑SSR分子标记，包括SSR17和SSR75一种或两种；所述SSR17的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No.1所示；所述SSR75的核苷酸序列如序列表中SEQ ID No.2所示。本发明通过对耐热萝卜品种‑‑夏抗40天筛选得到2个EST‑SSR分子标记，并且所述SSR17和SSR75具有共显性表达特性，利用具有共显性关系的2个EST‑SSR分子标记对商品种耐热萝卜品种‑‑夏抗40天的群体纯度进行检测，结果显示其纯度高达92％，同田间表型一致，因此，所述2个EST‑SSR分子标记能够用于耐热萝卜品种的纯度检测。
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