本发明涉及水稻品种抗白背飞虱基因qWBPH3.2的分子标记方法，用分子标记C3‑2122引物：SEQ ID NO.1/SEQ ID NO.2或者用分子标记C3‑2233引物：SEQ ID NO.3/SEQ ID NO.4或者用分子标记C3‑W2引物：SEQ ID NO.5/SEQ ID NO.6或者用分子标记C3‑W4引物：SEQ ID NO.7/SEQ ID NO.8扩增水稻或育种材料DNA，如果用分子标记C3‑2122引物能够扩增出202bp的扩增片段，或用分子标记C3‑2233引物能够扩增出229bp的扩增片段，或分子标记C3‑W2引物扩增的866bp片段能够被限制性内切酶Hap Ⅱ酶切成268bp和598bp两个片段，或分子标记C3‑W4引物扩增的954bp片段能够被限制性内切酶HindⅢ酶切成264bp和690bp两个片段，则标志着水稻品种抗白背飞虱qWBPH3.2基因的存在。本发明所述方法可预测水稻对白背飞虱的抗性水平，大大提高育种中抗白背飞虱品系的选择效率。
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