本发明涉及分子标记技术领域，具体涉及位于花生FAD2A基因启动子区与花生油酸和亚油酸含量相关的SNP分子标记及其应用。本发明的分子标记SNPC‑E位于花生FAD2A基因启动子区，含有如SEQ ID NO.1所示序列第13位的多态性为G/A的核苷酸序列。当该处碱基为G时，其所处位置为顺式调控元件CAAT(‑)，当该处碱基为A时，其处于类似增强子元件YACT(+)中。SNPC‑E从G变为A时，FAD2A的基因表达量会显著提高。且当该处碱基为G时，对应花生油酸含量低，亚油酸含量高；为A时，对应花生油酸含量高，亚油酸含量低。利用这个SNP分子标记可进行花生油酸、亚油酸含量高低鉴定，提高选择效率。
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